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[Sobtop] 请问输入mol2转top文件时LJ参数错误怎么解决, Error: Unable to find LJ parameter

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本帖最后由 fengxie 于 2022-11-28 19:14 编辑

本人在使用sobtop过程中,有以下提示” Error: Unable to find LJ parameter for atom     3N  with type N1        !
Please modify your assignment or LJ_param.dat file“ ,请问该如何解决,该如何修改参数数据文件或者有没有别的替代方法

下图是用openbabel 3.1.1 做到pdb转mol2,在使用sob转mol2到top文件时报错

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发表于 Post on 2022-11-28 20:34:01 | 只看该作者 Only view this author
起码把输入文件上传
别人都不知道你处理的什么体系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 22:58:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-28 20:34
起码把输入文件上传
别人都不知道你处理的什么体系

是氯代烟腈,发现在选择Amber atom types 的时候,出现界面上原子类型,出现了unknown。
可能已解决:回顾文件信息,发现这个N1是GAFF的类型,输入第一次Amber atom之后,选择6,Manually set atom type for selected atoms,手动输入“3”,改成NY,就没有报错了。
可能原因:某些写法Amber读不出来,根据lj_para.dat文件里面的注释,可以自行更改,有些H的写法,可能也可以这么操作。

请问sob老师,我在这样解决的前提下,选择“1”  “Without bonded parameters”  这样得到的top文件和我在“Acpype Server”网站中得到的top文件有什么区别嘛,因为我本意就是想找一个代替改网站的本地生成top文件的方法。

unk.mol2

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发表于 Post on 2022-11-28 23:44:56 | 只看该作者 Only view this author
fengxie 发表于 2022-11-28 22:58
是氯代烟腈,发现在选择Amber atom types 的时候,出现界面上原子类型,出现了unknown。
可能已解决:回 ...

为什么不选2 Assign GAFF atom types first and then UFF, then go to next step?选这个指认GAFF原子类型,所有原子就都能指认出来。对小分子体系没有任何理由用AMBER原子类型。明明http://sobereva.com/soft/Sobtop里的例子对有机小分子用的都是GAFF原子类型

Current atom types and meaning:
    1Cl: cl         Chlorine
    2N : nb         Sp2 N in pure aromatic systems
    3N : n1         Sp N
    4C : ca         Sp2 C in pure aromatic systems
    5C : ca         Sp2 C in pure aromatic systems
    6C : ca         Sp2 C in pure aromatic systems
    7C : ca         Sp2 C in pure aromatic systems
    8C : ca         Sp2 C in pure aromatic systems
    9C : cg         Inner Sp carbons in conjugated systems
   10H : ha         H bonded to aromatic carbon
   11H : ha         H bonded to aromatic carbon
   12H : h4         H bonded to non-sp3 carbon with 1 electrwd. group
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发表于 Post on 2022-12-3 19:17:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-28 23:44
为什么不选2 Assign GAFF atom types first and then UFF, then go to next step?选这个指认GAFF原子类 ...

老师,我来替他回复一下,他做的是蛋白配体复合物,其中配体是氯代烟腈,所以采用Amber力场。但是在指认Amber原子类型的时候腈的那个sp N并没有指认成NY,而是指认成N1 Unknown,但下方仍然显示“All atom types have been successfully assigned.”不知道这是否属于bug?虽然看是能看出来,手动改改就好了
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发表于 Post on 2022-12-4 01:06:55 | 只看该作者 Only view this author
Mornight 发表于 2022-12-3 19:17
老师,我来替他回复一下,他做的是蛋白配体复合物,其中配体是氯代烟腈,所以采用Amber力场。但是在指认A ...

显然不是bug,不要随便怀疑
AMBER本来就没法像GAFF支持那么丰富的化学环境。搞清楚AMBER和GAFF的关系和GAFF发展的初衷,sobtop主页FAQ2都写明了
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Mornight 发表于 2022-12-3 19:17
老师,我来替他回复一下,他做的是蛋白配体复合物,其中配体是氯代烟腈,所以采用Amber力场。但是在指认A ...

显然不是bug,不要随便怀疑
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sobereva 发表于 2022-12-4 01:06
显然不是bug,不要随便怀疑
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明白了,谢谢老师回复
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