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[Gaussian/gview] 求助计算H2O和Zn的结合能的问题

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发表于 Post on 2022-11-29 16:46:23 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
请问各位老师,我在计算H2O和Zn的结合能时,先通过molclus确定了Zn-6H2O的初始构型后进行优化,我的想法是根据 EAB-EA-EB来确定结合能的大小,这里EAB我认为就是Zn-6H2O,然后算水的时候,我是重新生成了6个水的团簇构型并将优化后的作为初始构型,但是从优化的结果显示,6H2O的构型和Zn-6H2O中的水构型产生了很大的区别,不知道这样的优化结果是不是可信
H2O.png
Zn-H2O.png

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发表于 Post on 2022-11-29 17:16:47 | 显示全部楼层 Show all
本来就应该有很大区别,因为Zn和H2O的相互作用会改变H2O分子的取向
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-29 19:38:55 | 显示全部楼层 Show all
wzkchem5 发表于 2022-11-29 17:16
本来就应该有很大区别,因为Zn和H2O的相互作用会改变H2O分子的取向

嗯嗯好的老师,我现在的做法是水溶液体系里优化并得到各部分的自由能校正项,在def2TZVP基组下(也在水溶液体系里)计算各部分的单点能,然后在相加作差,老师我得第一个问题是这里的Zn是不是得在真空环境下计算,然后去算一个溶解自由能呢?其次我在算Zn和其他有机分子的结合能的时候,是不是拿掉1个H2O换成我的有机分子用同样的方法去得到结合能呢?谢谢老师

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发表于 Post on 2022-11-29 20:30:11 | 显示全部楼层 Show all
xiaobai1 发表于 2022-11-29 12:38
嗯嗯好的老师,我现在的做法是水溶液体系里优化并得到各部分的自由能校正项,在def2TZVP基组下(也在水溶 ...

首先,你要算的是Zn2+还是Zn原子?
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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发表于 Post on 2022-11-29 21:08:31 | 显示全部楼层 Show all
wzkchem5 发表于 2022-11-29 17:16
本来就应该有很大区别,因为Zn和H2O的相互作用会改变H2O分子的取向

这个不太好处理啊,Zn2+的六水合物未必对称性很高,水分子之间说不定都有氢键,说不清是Zn2+和水分子的作用还是水分子之间的作用。
ORCA大法好!算得快,还免费,我爷爷的爷爷都说不赖!
山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔᵊ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ。

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发表于 Post on 2022-11-30 00:18:16 | 显示全部楼层 Show all
根据 EAB-EA-EB来确定结合能的大小的算法没错,但是这里的EAB,EA,EB的定义是整个团簇下优化后整体和某个片段的单点能,EA,EB不是各自独立时候优化后的单点能,结合能的计算可以参考社长的http://sobereva.com/542

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-30 08:13:40 | 显示全部楼层 Show all
wzkchem5 发表于 2022-11-29 20:30
首先,你要算的是Zn2+还是Zn原子?

Zn2+

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发表于 Post on 2022-11-30 15:04:04 | 显示全部楼层 Show all

那一般只能算溶解自由能,或者气相里面的结合能。参见http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =%BD%E1%BA%CF%C4%DC
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-30 16:27:08 | 显示全部楼层 Show all
wzkchem5 发表于 2022-11-30 15:04
那一般只能算溶解自由能,或者气相里面的结合能。参见http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread& ...

老师您好,我大概看了下那篇帖子,我也是想比较我的几个有机小分子和Zn2+的结合能力强弱,帖子里提到了用真空下的结合能作为评判标准,这里的话我的单个Zn+还需要opt+freq来得到自由能校正项吗,还是直接在高精度下计算单点能作为E(Zn2+)就可以了

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发表于 Post on 2022-11-30 17:18:18 | 显示全部楼层 Show all
xiaobai1 发表于 2022-11-30 09:27
老师您好,我大概看了下那篇帖子,我也是想比较我的几个有机小分子和Zn2+的结合能力强弱,帖子里提到了用 ...

不需要opt。自由能校正项需要算,因为即使是单原子离子,自由能校正项也不是0,只不过转动、振动贡献为0而已。
当然如果只关心结合能的相对大小,那么Zn2+这边即使不加自由能校正项也不影响结论,但问题是算出来的量就不能叫结合自由能了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-1 08:47:49 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 xiaobai1 于 2022-12-1 08:51 编辑
wzkchem5 发表于 2022-11-30 17:18
不需要opt。自由能校正项需要算,因为即使是单原子离子,自由能校正项也不是0,只不过转动、振动贡献为0 ...

好的老师,那再计算高精度电子能的时候还需要用混合基组吗?我现在算高精度电子能的时候,对一般的C H O用的是M062X/6-311++g(d,p),Zn的话用了M062X/def2TZVP,不知道这样是否可行

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发表于 Post on 2022-12-1 15:09:03 | 显示全部楼层 Show all
xiaobai1 发表于 2022-12-1 01:47
好的老师,那再计算高精度电子能的时候还需要用混合基组吗?我现在算高精度电子能的时候,对一般的C H O ...

可以,但注意不要加不必要的弥散函数
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-2 10:14:06 | 显示全部楼层 Show all
wzkchem5 发表于 2022-12-1 15:09
可以,但注意不要加不必要的弥散函数

好的 谢谢老师

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