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[新手求助] 寻找氢负离子转移的过渡态时,过渡态的输出文件却显示的是产物的结构

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发表于 Post on 2022-11-29 21:50:12 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 for_you 于 2022-11-29 23:50 编辑

想问一下大家,找氢负离子转移的过渡态结构时,过渡态优化的输出文件里显示着氢负离子在反应物和产物之间不断变换,最后跳开过渡态结构直接变成了产物的结构。请问怎样才能阻止过渡态优化时直接转变为产物呢?(学生想把氢负离子从亚甲基上转移到亚胺正离子处,变成亚甲基正离子和亚胺。我先把反应物进行结构优化;接着将 需拔氢的碳原子、需要转移的氢原子、亚胺的氮原子 设定好键长键角进行固定优化;最后进行过渡态优化。发现过渡态优化的输出文件的最后一步显示的直接是产物的结构,过渡态out文件的中间过程中还显示了反应物、过渡态、产物的结构。反应机理图和每步的输出文件已上传到附件)
感谢大家喽

反应过程

反应过程

氢负离子转移的过渡态寻找_输入和输出文件.zip

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过渡态直接优化出了产物

Genocide Cutter

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发表于 Post on 2022-11-29 23:06:57 | 显示全部楼层 Show all
你把输入文件也加上,输出文件不好看基组和赝势。
ORCA大法好!算得快,还免费,我爷爷的爷爷都说不赖!
山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔᵊ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-29 23:52:12 | 显示全部楼层 Show all
chands 发表于 2022-11-29 23:06
你把输入文件也加上,输出文件不好看基组和赝势。

感谢回复,已经重新上传附件,请查看
Genocide Cutter

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发表于 Post on 2022-11-30 09:47:11 | 显示全部楼层 Show all
可以考虑做一个柔性扫描看看整体过程来参考
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发表于 Post on 2022-11-30 12:57:57 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 sai77 于 2022-11-30 13:08 编辑

这是找过渡态常见的情况,要么收敛到原料,要么到产物,要么振动方向不对,想一次找对是不容易的。
从优化过程的点里面找比较接近过渡态的作为初始结构,再根据你限制性优化的结果稍微调整下关键部分的键长键角作为初猜,再结合recalc=N,重新再跑。
另外赝势基组建议SDD,Lanl2DZ不推荐

谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-1 09:32:13 | 显示全部楼层 Show all
Gzh_NJ 发表于 2022-11-30 09:47
可以考虑做一个柔性扫描看看整体过程来参考

柔性扫描显示从反应物变化到产物,能量逐渐下降,中间有过类似过渡态的结构,我准备将其保存去做过渡态
Genocide Cutter

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-1 09:36:26 | 显示全部楼层 Show all
sai77 发表于 2022-11-30 12:57
这是找过渡态常见的情况,要么收敛到原料,要么到产物,要么振动方向不对,想一次找对是不容易的。
从优化 ...

已经将赝势基组修改了,正在重新寻找过渡态
Genocide Cutter

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发表于 Post on 2022-12-1 09:39:30 | 显示全部楼层 Show all
for_you 发表于 2022-12-1 09:32
柔性扫描显示从反应物变化到产物,能量逐渐下降,中间有过类似过渡态的结构,我准备将其保存去做过渡态

是的,这个结构有可能是过渡态
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-1 10:01:12 | 显示全部楼层 Show all
Gzh_NJ 发表于 2022-12-1 09:39
是的,这个结构有可能是过渡态

正在尝试那几个可能的中间结构
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发表于 Post on 2022-12-1 19:10:40 | 显示全部楼层 Show all
for_you 发表于 2022-12-1 10:01
正在尝试那几个可能的中间结构

柔性扫描的过程可以做一个参考,关键还是对这个机理本身的认识
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