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[综合交流] 利用热力学循环计算能量时,是只对阴离子体系加弥散还是为了保持一致性都需要加

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发表于 Post on 2022-11-29 23:49:35 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 小七丫 于 2022-11-30 00:10 编辑

热力学循环如图所示:结构优化各物质级别一样6-311+g**,对Fe3+用SDD赝势;能量计算时对带负电的配体EDTA4-和络合物Fe3+(EDTA4-)用了def2-TZVPD基组,其余带正电的物质用def2-TZVP基组;请问这样合理吗,还是说因为需要保持一致性所有物质都用def2-TZVPD基组(或者我为了节省时间都不加弥散)。此文献中能量计算用的是Jaguar和Turbomole程序,对不同的金属离子使用全电子基组TZVP或LACV3P基组
文献:[1]Garima, Chauhan, Matthias, et al. The thermodynamics and biodegradability of chelating agents upon metal extraction[J]. Chemical Engineering Science, 2015.

热力学循环

热力学循环

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发表于 Post on 2022-11-30 02:18:15 | 显示全部楼层 Show all
举个例子:EDTA的氧原子在EDTA4-里带负电,所以所有物种里面EDTA的氧原子都需要加弥散,包括和Fe3+络合以后,甚至包括被质子化以后,都需要加弥散。但是EDTA里的其他原子(C、H、N)不用加弥散,其他在整篇文章里都不会带较多负电的氧原子(例如水分子、配位水)也可以不加。
但是假如你结构优化已经按6-311+G**做完了,不想去掉弥散重做的话,会面临一个问题,万一审稿人问”为什么结构优化对C、N加了弥散,单点能反而不加“,不好回答。此时建议给C、N以及其他的O也加上弥散。(当然给结构优化去掉多余的弥散函数重新做也是一个选择)
此外,def2-TZVPD的弥散函数是为极化率等计算而设计的,对于负离子体系的单点能,用ma-def2-TZVP(又称ma-TZVP)性价比高一些
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-7 09:36:39 | 显示全部楼层 Show all
明白了,我结构优化已经做完了,得用ma对C.N.O加弥散

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