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[新手求助] 使用Gaussian计算,加入隐式溶剂后找到的过渡态频率异常,结果文件打开报warning

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发表于 Post on 2022-11-30 10:37:50 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 这块石头 于 2022-11-30 11:03 编辑

求助各位老师一个过渡态搜寻异常的问题,使用版本为Gaussian 16, Revision A.03。我搜寻一个·OH抽提H反应的过渡态,无溶剂时过渡态很容易找到,虚频唯一且振动方向正常。
加入隐式溶剂后(PCM),寻找以H2O为溶剂下的过渡态,读取无溶剂下的结构和初猜,计算正常结束,且结构与无溶剂下变化较小,但是出现以下几个问题:
  • 优化和频率计算中的最大位移均没有达到标准,显示Optimization completed on the basis of negligible forces,没有影响软件后续计算
  • 用GaussView打开结果文件,报warning,Failure reading polarizability data. 我去结果文件对应行查看,发现有**这样的符号:
    Exact polarizability:********-124.506 278.595 -64.871  20.717 231.984
  • 虚频振动方向不对,并不是形成H2O的方向,但最终的优化结构跟无溶剂时很像。

读取首次加入溶剂的计算结果中的结构和初猜,并在计算中尝试加入opt=tight和int=superfine之后,计算正常结束,位移和力都达到收敛限,但是依然存在结果文件打开报warning和虚频阵容方向不对的问题。
尝试过更改坐标系(cartesian),微调初始结构,使用sas表面,计算成功,跟最初加溶剂后得到的结构几乎一样,但是虚频振动方向不对,结果文件打开报warning。尝试用opt=gdiis,找不到过渡态,反应向形成H2O的方向进行。

想请教各位老师,我这种情况是单纯的在溶剂条件下没有找到正确过渡态,还是其他的计算问题(如输入文件关键词问题)?谢谢各位老师!

三次计算的关键词如下:
1.out: #p opt=(calcall,ts,noeigen) freq 6-31+g(d,p) m062x guess=read geom=allcheck
2.out:#p opt=(calcall,ts,noeigen) freq 6-31+g(d,p) m062x scrf=(solvent=water,PCM) guess=read geom=allcheck
3.out:#p opt=(calcall,ts,noeigen,tight) freq 6-31+g(d,p) m062x scrf=(solvent=water,PCM) guess=read geom=allcheck int=superfine




打开结果文件的报warning

打开结果文件的报warning

最大位移

最大位移

三次计算结果文件.zip

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发表于 Post on 2022-11-30 10:42:24 | 显示全部楼层 Show all
1 看具体位移多大

2 分清楚warning和error
不用管
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-30 10:54:08 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-11-30 10:42
1 看具体位移多大

2 分清楚warning和error

不好意思sob老师,刚刚编辑一半不小心按到了发布。我重新编辑了完整的问题,还请sob老师能帮忙看一下是结构设计问题还是我关键词设计的有问题,谢谢老师!

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发表于 Post on 2022-11-30 11:07:28 | 显示全部楼层 Show all
关键词没明显问题
溶剂效应本来就可能极大地影响势能面,乃至影响机理。不要以为真空下的机理和溶剂下的总是一致的、过渡态总是相似的
想确定溶剂环境下有没有过渡态、是不是想象的机理,必要时候做柔性扫描帮助判断
并且想清楚当前当三重态计算是否合适
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-30 11:11:28 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-11-30 11:07
关键词没明显问题
溶剂效应本来就可能极大地影响势能面,乃至影响机理。不要以为真空下的机理和溶剂下的总 ...

好的,谢谢sob老师的解答!我再去考虑一下三重态的问题,并做一下柔性扫描看一下能量变化。

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