聚苯胺一个单体加周期性建模问题

镇魂歌 · 发表于 Post on 2016-5-30 17:40:45

请教各位，给聚苯胺一个单体加周期性，我的做法是先建立一个单体，然后再将单体放到一个空盒子里面，这样的做法可行么，可行的话为什么和文献上的不一样，错在哪，还望各位老师指教，谢谢。

liu_tiao · 发表于 Post on 2016-5-30 20:56:54

本帖最后由 liu_tiao 于 2016-5-30 21:00 编辑

看起来差不多，和文献没什么区别啊。

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-31 01:11:18

你还得截掉多余的原子。
模型建好后，你可以复制延展成复晶胞，到时候一看就知道当前晶胞建得是否合理
另外中间和右边的两个氢之间可能挨得太近了

镇魂歌 · 发表于 Post on 2016-5-31 09:47:48

sobereva 发表于 2016-5-31 01:11
你还得截掉多余的原子。
模型建好后，你可以复制延展成复晶胞，到时候一看就知道当前晶胞建得是否合理
另 ...

谢谢老师，但是删掉格子外的原子后，但是键没了，是我的格子大小取得不对么

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-31 10:56:22

镇魂歌发表于 2016-5-31 09:47
谢谢老师，但是删掉格子外的原子后，但是键没了，是我的格子大小取得不对么

不用管是否显示键。量化/第一性计算只看坐标，不看你在可视化程序中怎么连键的。

镇魂歌 · 发表于 Post on 2016-5-31 11:26:27

sobereva 发表于 2016-5-31 10:56
不用管是否显示键。量化/第一性计算只看坐标，不看你在可视化程序中怎么连键的。

好的，谢谢老师

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-5-31 12:05:30

本帖最后由卡开发发于 2016-5-31 12:06 编辑

镇魂歌发表于 2016-5-31 11:26
好的，谢谢老师

左右端的那个缺氢的C和N最好还是在build-bond里面自动显示一下成键，然后沿着x(或是说OA吧)方向看过去，微调一下结构让C和N能够对上并且显示“成键”。虽然这个“成键”对实际计算不起什么作用，不过这样做的目的主要是用于定位，这两个原子位置差（自然也不会显示成键）的太多的话，可能SCF会很难收敛，亦或是结构优化会做很久。

另外，y(OB)和z(OC)实在是太小了，除非你打算把链之间的相互作用也计入进去。如果你计算的是孤立的1D的链，你可以建立成yz方向的超胞看看链之间的距离，（如果采用DMol3的话）原则上最起码要大于两倍cutoff的距离（这只考虑了基函数的交叠，可能实际还得更多），可以的话应该在yz方向加上偶极修正。

镇魂歌 · 发表于 Post on 2016-5-31 12:29:46

卡开发发发表于 2016-5-31 12:05
左右端的那个缺氢的C和N最好还是在build-bond里面自动显示一下成键，然后沿着x(或是说OA吧)方向看过去， ...

谢谢老师

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