关于如何定义某一点到原子CV值

Cyclohextriene

使用metadyn部分的时候遇到了一个问题。想定义一个溶剂纳米球中心和一个气相分子的某一原子间的距离作为CV2值，但是不知道关键词如何使用。去查询了cp2k手册得知有point关键词就去尝试了一下，结果显示point section里的atoms未能读取。这里想请问一下这部分输出文件该如何写？万分感谢！&COLVAR        
   &DISTANCE
               &POINT
                  ATOMS 108
               &END
            &POINT
              XYZ 12.5 12.5 12.5
            &END
          POINTS 1 2
    &END DISTANCE
&END COLVAR

以下是报错信息
报错文档忘记贴了，2L补上
      ----------------------------------------------------------------------
COLVARS| COLVAR INPUT INDEX:        1
COLVARS| BOND          >>> ATOMS:                                   106     107
          ----------------------------------------------------------------------

*******************************************************************************
*   ___                                                                       *
*  /   \                                                                      *
* [ABORT]                                                                     *
*  \___/   Value requested, but no value set getting value from keyword ATOMS *
*    |                              of section POINT                          *
*  O/|                                                                        *
* /| |                                                                        *
* / \                                        input/input_section_types.F:1097 *
*******************************************************************************


===== Routine Calling Stack =====

            2 colvar_read
            1 CP2K

Cyclohextriene

报错文档忘记贴了，2L补上
      ----------------------------------------------------------------------
COLVARS| COLVAR INPUT INDEX:        1
COLVARS| BOND          >>> ATOMS:                                   106     107
          ----------------------------------------------------------------------

*******************************************************************************
*   ___                                                                       *
*  /   \                                                                      *
* [ABORT]                                                                     *
*  \___/   Value requested, but no value set getting value from keyword ATOMS *
*    |                              of section POINT                          *
*  O/|                                                                        *
* /| |                                                                        *
* / \                                        input/input_section_types.F:1097 *
*******************************************************************************


===== Routine Calling Stack =====

            2 colvar_read
            1 CP2K

sobereva

Cyclohextriene 发表于 2022-12-1 02:21
报错文档忘记贴了，2L补上
      --------------------------------------------------------- ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

k64_cc

链一个Plumed，然后就可以享受正常人应当拥有的便利了。