计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1797|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 高斯16用GIC扫描三个反应坐标失败

[复制链接 Copy URL]

22

帖子

0

威望

179

eV
积分
201

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位老师,大家好。我最近在用GIC扫描一个四元环的过渡态,我自己之前扫了这个过渡态的两个键是成功的,但是同时扫三个键,发现扫了很久log文件越来越大,可是却看不到构象,请问这是为什么呢?
以下是我的输入文件:
%chk=s-4.chk
%nprocshared=28
%mem=128GB
# opt=(addgic,gdiis,maxstep=5,notrust,loose) b3lyp/genecp int=fine scf=xqc

Molecule Name

1 4
N                 -0.28244000    1.50563000   -1.16058000
N                 -2.38454000    0.59280000    0.55709000
N                 -1.66567000   -1.54213000   -0.98569000
O                 -0.51502000   -1.18146000    1.66479000
O                  1.20448000   -0.55766000   -0.43972000
C                  0.34003000    0.71052000    3.74447000
H                 -0.50441000    1.27803000    4.15688000
H                  1.01360000    0.44975000    4.56250000
H                 -0.02082000   -0.20313000    3.27200000
Fe                -0.36661000   -0.06476000    0.24940000
C                  1.06491000    1.54630000    2.72734000
C                  2.18860000    2.31492000    3.13829000
H                  2.48825000    2.26886000    4.17600000
C                  2.88599000    3.06837000    2.23114000
H                  3.75737000    3.63907000    2.53076000
C                  2.48113000    3.08641000    0.86976000
C                  3.20649000    3.77528000   -0.13505000
H                  4.08004000    4.35044000    0.14733000
C                  2.80625000    3.69085000   -1.44769000
H                  3.35898000    4.20277000   -2.22484000
C                  1.66231000    2.93547000   -1.79993000
H                  1.38180000    2.87383000   -2.84085000
C                  0.92586000    2.27373000   -0.84228000
C                  1.32819000    2.32808000    0.51988000
C                 -0.21279000    0.90614000   -2.54175000
H                  0.73965000    0.37299000   -2.59351000
H                 -0.27527000    1.67706000   -3.31405000
H                 -1.03900000    0.20806000   -2.64950000
C                 -1.51639000    2.36691000   -0.91158000
H                 -1.29467000    2.91121000    0.00766000
C                 -1.86066000    3.38190000   -2.00664000
H                 -0.96494000    3.93683000   -2.29912000
H                 -2.23755000    2.85052000   -2.88677000
C                 -2.94917000    4.36069000   -1.46402000
H                 -2.46888000    5.26111000   -1.06866000
H                 -3.59499000    4.66651000   -2.29241000
C                 -3.81197000    3.71142000   -0.34437000
H                 -4.77339000    4.22862000   -0.27205000
H                 -3.31063000    3.82582000    0.62308000
C                 -4.03964000    2.21262000   -0.63229000
H                 -4.53407000    2.10990000   -1.60455000
H                 -4.70703000    1.75843000    0.10612000
C                 -2.69930000    1.43334000   -0.68548000
H                 -2.72833000    0.71097000   -1.50118000
C                 -2.46876000    1.37022000    1.83916000
H                 -2.25172000    0.67518000    2.64897000
H                 -3.45497000    1.81921000    1.97521000
H                 -1.70482000    2.14211000    1.82755000
C                 -3.22898000   -0.60092000    0.57684000
C                 -4.35950000   -0.72103000    1.35508000
H                 -4.65437000    0.07556000    2.02288000
C                 -5.15269000   -1.89288000    1.30481000
H                 -6.03661000   -1.95660000    1.92607000
C                 -4.80526000   -2.93486000    0.47815000
H                 -5.40644000   -3.83489000    0.43250000
C                 -3.63593000   -2.84534000   -0.31961000
C                 -2.83870000   -1.66863000   -0.27511000
C                 -3.18398000   -3.89984000   -1.15726000
H                 -3.76617000   -4.81163000   -1.22273000
C                 -2.01509000   -3.75379000   -1.85706000
H                 -1.64432000   -4.54525000   -2.49396000
C                 -1.24222000   -2.56237000   -1.74696000
C                  0.04732000   -2.46177000   -2.50832000
H                 -0.13489000   -1.98787000   -3.48283000
H                  0.44728000   -3.46169000   -2.69742000
H                  0.78714000   -1.86147000   -1.97775000
N                  0.64396000    1.56916000    1.45164000
C                  2.60058000   -1.56071000    1.35658000
C                  2.69612000   -0.52792000    0.27127000
C                  3.62802000   -0.82250000   -0.90563000
C                  3.97512000   -2.27715000   -1.13793000
C                  3.43948000   -3.26955000   -0.20355000
C                  2.80598000   -2.97361000    0.94915000
H                  2.83808000    0.46836000    0.67680000
H                  3.63253000   -4.30036000   -0.47768000
O                  4.67493000   -2.58430000   -2.11985000
O                  2.30940000   -1.23745000    2.51666000
C                  4.75598000    0.15045000   -1.11950000
H                  5.40139000    0.17782000   -0.23214000
H                  5.35740000   -0.17778000   -1.97096000
H                  4.35088000    1.14880000   -1.29847000
C                  2.30894000   -3.99330000    1.92720000
H                  2.75279000   -3.81090000    2.91186000
H                  1.22664000   -3.85242000    2.02021000
H                  2.53762000   -5.00930000    1.60122000
O                  2.61574000   -0.65609000   -2.26122000
H                  3.29733000   -0.95686000   -2.93914000
O                 -0.45394000   -2.63978000    1.27277000
H                 -1.39356000   -2.90778000    1.49609000

scan(StepSize=0.1,NSteps=8)=R(5,69)
rcons(freeze)=R(5,69)-R(86,70)
rcon2(freeze)=R(5,69)+R(86,5)

C H O N 0
6-31g*
****
Fe 0
sdd
****

Fe 0
sdd























s-4.gjf

5.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

1016

帖子

0

威望

2126

eV
积分
3142

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

2#
发表于 Post on 2022-12-5 15:36:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-12-5 15:42 编辑

第88,89号的-OH是连在哪里?是过氧键吗?
我不太明白你为什么有加两个限定:
rcons(freeze)=R(5,69)-R(86,70)
rcon2(freeze)=R(5,69)+R(86,5)
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

22

帖子

0

威望

179

eV
积分
201

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-5 16:22:04 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-12-5 15:36
第88,89号的-OH是连在哪里?是过氧键吗?
我不太明白你为什么有加两个限定:
rcons(freeze)=R(5,69)-R( ...

是的。因为要扫描三根键

4289

帖子

4

威望

9538

eV
积分
13907

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

4#
发表于 Post on 2022-12-5 18:54:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-12-5 18:55 编辑

(1)开壳层过渡金属体系不建议直接扫描,应先正确进行单点计算,确保波函数稳定且收敛到了期望的解上。然后读取轨道进行势能面扫描。囫囵吞枣直接开扫,算到哪里去了都不知道。
(2)应使用#p而非#,输出更多内容,便于监控计算进度。
(3)运行grep 'SCF Done' xxx.log看输出文件里算了几次单点;运行grep 'Maximum F' xxx.log看输出文件里算了几次Force。
(4)B3LYP不适合用来算开壳层过渡金属,建议阅读《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》http://sobereva.com/272

自动做多参考态计算的程序MOKIT

22

帖子

0

威望

179

eV
积分
201

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-5 19:05:12 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-12-5 18:54
(1)开壳层过渡金属体系不建议直接扫描,应先正确进行单点计算,确保波函数稳定且收敛到了期望的解上。然 ...

好的老师,我重新计算其单点再看看

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 02:26 , Processed in 0.216066 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list