求助分子力场拟合时improper项的处理

wuyeyangguang

请教关于力场拟合时improper项的几个问题：
1. 优化后的平衡结构中如果存在中心原子及与之相连接的3个原子是共平面结构，那improper项是不是通常都要考虑。比如(NH2)OH整体平衡结构是一个平面，NH2O这个improper项是否必须要考虑。
2. 拟合二面角时，需要QM扫描能量减去无二面角扭转项的MM能量，这种情况下的MM能量应该是包含improper项吧？
3. 对于improper项的拟合，如果以“out-of-plane bend”概念，需要改变某个边缘原子的连接键与其他三个原子平面的夹角，那这个边缘原子是任意选的吗，对整体结构的影响怎么考虑
4. imprope项GIC柔性扫面的话，通过余弦/正弦函数找键、键垂直高度、键投影之间的几何关系，然后自己通过余弦值/正弦值对应相应的夹角，不知道是否可行。

sobereva

1 不是绝对要考虑。如果已有的二面角项已经足矣很好保持平面就不是必须得结合improper项

2 是

3、4 没必要拟合。improper项通常就是个谐振势维持平面或特定值，猜个数量级合适的力常数就够了。

ms-山海

sobereva 发表于 2022-12-7 03:52
1 不是绝对要考虑。如果已有的二面角项已经足矣很好保持平面就不是必须得结合improper项

2 是

老师您好，我在用fftoolx工具识别zmat文件的时候出现了这样的提示信息。

  warning: missing force field parameters
    improper type NZ7-NZ6-CZ2-HZ5

因为这个离子是124triz阴离子，他的力场文件往届没有给现成的，所以我从一篇文献找的，这个输入是我根据文献写的，具体力场如下。
ATOMS
#     typ   m/u     q/e    pot   pars
# 1,2,4triz
CZ1   CZ1  12.011  0.584095 lj   3.40   0.086
CZ2   CZ2  12.011  0.584095 lj   3.40   0.086
HZ4   HZ4   1.008 -0.074229 lj   2.42   0.015
HZ5   HZ5   1.008 -0.074229 lj   2.42   0.015
NZ6   NZ6  14.007 -0.887760 lj   3.25   0.170
NZ3   NZ3  14.007 -0.565986 lj   3.25   0.170
NZ7   NZ7  14.007 -0.565986 lj   3.25   0.170

BONDS
# i j    pot    re/A    kr/kJmol-1
# 1,2,4triz
CZ1 HZ4  cons   1.084   356.0
CZ1 NZ3  harm   1.335   536.1
CZ1 NZ6  harm   1.354   431.6
CZ2 HZ5  cons   1.084   356.0
CZ2 NZ6  harm   1.354   494.6
CZ2 NZ7  harm   1.335   431.6
NZ3 NZ7  harm   1.375   857.4

ANGLES
# i j   k    pot    th/deg  ka/kjmol-1
# 1,2,4triz
CZ1 NZ3 NZ7  harm   105.16  71.00
CZ1 NZ6 CZ2  harm   100.02  71.00
CZ2 NZ7 NZ3  harm   105.17  75.90
HZ4 CZ1 NZ3  harm   122.13  51.66
HZ4 CZ1 NZ6  harm   123.05  49.30
HZ5 CZ2 NZ6  harm   123.07  50.13
HZ5 CZ2 NZ7  harm   122.11  49.30
NZ3 CZ1 NZ6  harm   114.82  70.56
NZ6 CZ2 NZ7  harm   114.82  73.35

DIHEDRALS
# i j   k   l    pot     v1        v2        v3        v4
# 1,2,4triz
CZ1 NZ3 NZ7 CZ2  opls    0.000     9.50      0.000     0.000   
HZ4 CZ1 NZ3 NZ7  opls    0.000     9.50      0.000     0.000
HZ4 CZ1 NZ6 CZ2  opls    0.000     9.50      0.000     0.000
HZ5 CZ2 NZ6 CZ1  opls    0.000     9.50      0.000     0.000
HZ5 CZ2 NZ7 NZ3  opls    0.000     9.50      0.000     0.000
NZ3 CZ1 NZ6 CZ2  opls    0.000     9.50      0.000     0.000
NZ6 CZ1 NZ3 NZ7  opls    0.000     9.50      0.000     0.000
NZ6 CZ2 NZ7 NZ3  opls    0.000     9.50      0.000     0.000
NZ7 CZ2 NZ6 CZ1  opls    0.000     9.50      0.000     0.000

然后这篇文献的补充材料的data文件说没有improper作用，具体的data描述如下

LAMMPS data file. CGCMM style. atom_style full generated by VMD/TopoTools v1.7 on Fri May 27 10:31:16 +0800 2022
19576 atoms
17600 bonds
27800 angles
34000 dihedrals
0 impropers
28 atom types
24 bond types
37 angle types
40 dihedral types
0 improper types
-21.549848 21.650153  xlo xhi
-25.049771 24.950229  ylo yhi
-150.000000 150.000000  zlo zhi

所以我不知道是哪里出问题了，不太清楚这个improper作用怎么搞

这是我的zmat文件内容，如下
triz-

1  NZ3
2  NZ7   1  1.376
3  CZ2   2  1.335  1  105.2
4  NZ6   3  1.354  2  114.8  1     0.0
5  CZ1   1  1.335  2  105.2  3     0.0
6  HZ5   3  1.085  2  122.1  1  -180.0
7  HZ4   5  1.085  1  123.1  2  -180.0

triz.ff

可以麻烦老师看一下吗