做小分子在多孔介质中的扩散等动力学过程，Lammps与GROMACS的选取？

honest · 发表于 Post on 2022-12-8 14:56:13

各位老师，同学，大家好！我准备做小分子（H2，CH4，CO2,C2H6）在多孔介质（MOF，COF还有合金材料）中的扩散等动力学过程？这两个软件哪个更适用一些呢？希望大家不吝赐教，非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-8 16:15:24

对于在MOF和COF中扩散，结合sobtop构建拓扑文件，用GROMACS没问题，速度比lammps快得多。至于合金，看具体情况，能用的力场/势函数可能GROMACS支持不了，Lammps支持的势函数形式更丰富。

honest · 发表于 Post on 2022-12-9 09:43:02

sobereva 发表于 2022-12-8 16:15
对于在MOF和COF中扩散，结合sobtop构建拓扑文件，用GROMACS没问题，速度比lammps快得多。至于合金，看具体 ...

明白了，非常感谢社长的热心回复

ainiyiyayou · 发表于 Post on 2023-8-31 10:34:08

sobereva 发表于 2022-12-8 16:15
对于在MOF和COF中扩散，结合sobtop构建拓扑文件，用GROMACS没问题，速度比lammps快得多。至于合金，看具体 ...

老师您好，我想问下我主要做COF材料吸附剂来模拟小分子的吸附动力学过程，这两个软件哪个更适用一些呢

Graphite · 发表于 Post on 2023-8-31 10:48:37

追求效率和成熟方案：GROMACS
要用各种自定义流程和技术操纵模拟：LAMMPS

平衡态、连续过程：GROMACS
非平衡态、各类外力：LAMMPS

常见有机材料和一些金属有机化合物：都行，GROMACS更方便
合金、用到多体势：LAMMPS

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-31 12:41:00

ainiyiyayou 发表于 2023-8-31 10:34
老师您好，我想问下我主要做COF材料吸附剂来模拟小分子的吸附动力学过程，这两个软件哪个更适用一些呢

结合sobtop创建拓扑文件，用GROMACS完全可以，效率明显高于lammps，而且用户群最大（参见http://sobereva.com/599里的MD程序用户数投票统计），因此有问题容易得到解答，而且有北京科音分子动力学与GROMACS培训班能系统性全面学习。另外，我自己不用lammps，lammps具体问题帮不上忙

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[综合交流] 做小分子在多孔介质中的扩散等动力学过程，Lammps与GROMACS的选取？

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