界面张力如何计算

xxj9618 · 发表于 Post on 2016-6-15 08:30:00

sobereva 发表于 2016-6-14 20:02
NVT就可以

那我是npt，还是选择isotropic？谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-15 10:51:57

xxj9618 发表于 2016-6-15 08:30
那我是npt，还是选择isotropic？谢谢sob老师

不控压，就NVT。之前先用NPT把盒子跑平衡。

xxj9618 · 发表于 Post on 2016-6-16 14:29:05

sobereva 发表于 2016-6-15 10:51
不控压，就NVT。之前先用NPT把盒子跑平衡。

好的，谢谢sob老师

xxj9618 · 发表于 Post on 2016-6-20 20:59:43

sobereva 发表于 2016-6-15 10:51
不控压，就NVT。之前先用NPT把盒子跑平衡。

title = liquid-liquid
; Run parameters
integrator = md ; leap-frog integrator
nsteps = 10000000 ; 2 * 10000000 = 20000 ps (20 ns)
dt       = 0.002 ; 2 fs
; Output control
nstxout = 0 ;
nstvout = 0 ;
nstxtcout = 1000 ; xtc compressed trajectory output every 2 ps
nstenergy = 1000 ; save energies every 2 ps
nstlog = 1000 ; update log file every 2 ps
; Bond parameters
continuation = yes       ; Restarting after NPT
constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints
constraints = all-bonds          ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter = 1             ; accuracy of LINCS
lincs_order = 4             ; also related to accuracy
; Neighborsearching
cutoff-scheme = Verlet
ns_type = grid ; search neighboring grid cels
nstlist = 10       ; 10 fs
rlist = 1.4 ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
rcoulomb = 1.4 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw = 1.4 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order = 4       ; cubic interpolation
fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl = V-rescale       ; More accurate thermostat
tc-grps = dodecanol glycerol ; three coupling groups - more accurate
tau_t = 0.1 0.1          ; time constant, in ps
ref_t = 300 300          ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is on
pcoupl = Berendsen       ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype = isotropic          ; uniform scaling box vectors
tau_p = 2.0          ; time constant, in ps
ref_p = 1.0          ; reference pressure
compressibility = 4.5e-5 ; isothermal compressibility, bar^-1
; Periodic boundary conditions
pbc       = xyz ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel = no ; Velocity generation is of

我尝试着改了一下之前跑的NPT的控压方法，但是结果没什么变化。sob老师，能帮我看看，有什么问题吗？或者把控压部分去掉，跑NVT算了？

lewisbase · 发表于 Post on 2016-12-9 20:45:29

sobereva 发表于 2016-6-14 20:02
NVT就可以

您好Sob老师，我想请教一下，这个公式只能在正则系综下使用吗？看到好多文献中都是在正则系综下计算的。但gmx手册上又说这个只适用于Berendsen压力耦合算法。不是很理解，还望指教，谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2016-12-9 20:50:33

lewisbase 发表于 2016-12-9 20:45
您好Sob老师，我想请教一下，这个公式只能在正则系综下使用吗？看到好多文献中都是在正则系综下计算的。 ...

放心，就用NVT，结合我前头给的式子

lewisbase · 发表于 Post on 2016-12-9 22:46:29

sobereva 发表于 2016-12-9 20:50
放心，就用NVT，结合我前头给的式子

好的，谢谢sob老师。我还想多嘴问一下，为什么不能在npt下计算呢？是因为npt下所得各个压力分量是通过外界调控所得而不是体系本身表现出来的吗？不知道自己的想法对不对。

sobereva · 发表于 Post on 2016-12-9 22:59:59

lewisbase 发表于 2016-12-9 22:46
好的，谢谢sob老师。我还想多嘴问一下，为什么不能在npt下计算呢？是因为npt下所得各个压力分量是通过外 ...

y

lewisbase · 发表于 Post on 2016-12-9 23:24:03

sobereva 发表于 2016-12-9 22:59
y

嗯，明白了，再次感谢。

xiaoruoqiu · 发表于 Post on 2017-8-30 14:16:25

本帖最后由 xiaoruoqiu 于 2017-8-30 14:21 编辑

sobereva 发表于 2016-6-14 20:02
NVT就可以

请问sob老师，双层磷脂膜使用nvt可以用γ=(1/n)*Lz*<P_zz-(P_xx+P_yy)/2>来计算膜表面张力吗？

sobereva · 发表于 Post on 2017-8-30 20:45:05

xiaoruoqiu 发表于 2017-8-30 14:16
请问sob老师，双层磷脂膜使用nvt可以用γ=(1/n)*Lz*来计算膜表面张力吗？

可以

gaosimeng2001 · 发表于 Post on 2021-1-5 16:37:16

sobereva 发表于 2016-6-7 05:17
能。
不是用平均压力，而是把每一帧的压力分量代入式子，然后再对结果取平均
液体可压缩系数很小，压 ...

卢老师，刚看到您的这个回复说计算界面张力“不是用平均压力，而是把每一帧的压力分量代入式子，然后再对结果取平均” 。我之前是对产生相直接提取了各方向的压力带入公式计算界面张力了，这样做是不是错了，如果每个时间点的压力分量代入公式再取界面张力平均值，这样做是需要自己写脚本还是有现成的命令可以提取？

另外z方向的长度，初始设置的和最后跑完的实际长度是不是不一样啊，应该用产生相最后跑完的长度吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-7 00:17:57

gaosimeng2001 发表于 2021-1-5 16:37
卢老师，刚看到您的这个回复说计算界面张力“不是用平均压力，而是把每一帧的压力分量代入式子，然后再对 ...

是
gmx energy提取出相应数据，然后origin里对列运算一下就出来了

对于气液界面体系，一般都用NVT或者让z方向可压缩系数为0，所以不存在z方向长度的含糊性

gaosimeng2001 · 发表于 Post on 2021-1-7 14:10:01

sobereva 发表于 2021-1-7 00:17
是
gmx energy提取出相应数据，然后origin里对列运算一下就出来了

卢老师，如果是模拟液-液界面，prod是做的npt，这时候是不是z轴就要变化了，用的是最后跑完的z方向长度吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-7 23:47:47

gaosimeng2001 发表于 2021-1-7 14:10
卢老师，如果是模拟液-液界面，prod是做的npt，这时候是不是z轴就要变化了，用的是最后跑完的z方向长度吗 ...

最后那一刻的z方向长度没有任何特殊的意义和地位
要么取平均z轴长度，要么先NPT平衡后再改用NVT

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[GROMACS] 界面张力如何计算