VASP 6 搭配 HDF5 时，需启用 fortran 选项编译 HDF5

王二葛 · 发表于 Post on 2022-12-26 14:16:21

本帖最后由王二葛于 2022-12-26 14:16 编辑

最近编译 VASP 6，在 makefile 中看到官方强烈推荐 HDF5，遂编译 HDF5。

VASP 6 编译时报错了！提示找不到 HDF5：「undefined reference to hdf5」，与这里的症状一样：https://w.vasp.at/forum/viewtopic.php?p=22754

我确认 HDF5 编译正常，也确认 VASP 6 的 makefile.include 路径写对了，不清楚为何报错。

查了一些资料，才发现需要手动启用 HDF5 对 Fortran 的支持：

./configure --prefix=/path/to/install --enable-fortran --enable-fortran2003

复制代码

这两个 Fortran 选项共存时，仅 2003 有效，所以为了编译 VASP 只保留 --enable-fortran 即可。

编译 HDF5、再编译 VASP 6，一切正常。

补充 Intel Parallel Studio 2020 编译 VASP 6 的注意事项：使用原始的 makefile 是无法连接到 Intel 编译器的 MKL，需要用 MKL Link Advisor 产生编译选项。

参考：
1. https://debug.fanzheng.org/post/ ... -compiling-WRF.html2. https://support.hdfgroup.org/HDF5/doc/fortran/index.html

ghifi37 · 发表于 Post on 2023-2-16 09:02:45

请问增加对HDF文件的支持后，对用户而言有什么好处？比如是否有一些之前没输出的有价值信息？

王二葛 · 发表于 Post on 2023-2-16 11:42:40

ghifi37 发表于 2023-2-16 09:02
请问增加对HDF文件的支持后，对用户而言有什么好处？比如是否有一些之前没输出的有价值信息？

只讨论 HDF5，它是一种快速的储存格式，跟内容无关

官网介绍：利用 HDF5 高性能文件格式来管理、处理和存储异构数据，HDF5 专为快速 I/O 处理和存储而构建

ghifi37 · 发表于 Post on 2023-2-16 14:13:10

王二葛发表于 2023-2-16 11:42
只讨论 HDF5，它是一种快速的储存格式，跟内容无关

官网介绍：利用 HDF5 高性能文件格式来管理、处理 ...

谢谢回复！请问VASP用HDF5输出了些啥东西呢？

gog · 发表于 Post on 2023-2-16 17:21:45

ghifi37 发表于 2023-2-16 14:13
谢谢回复！请问VASP用HDF5输出了些啥东西呢？

bader软件，做bader分析，不支持HDF5格式

Aletyx · 发表于 Post on 2023-2-16 18:10:39

ghifi37 发表于 2023-2-16 09:02
请问增加对HDF文件的支持后，对用户而言有什么好处？比如是否有一些之前没输出的有价值信息？

1. VASP搭配HDF5后，计算完会额外默认输出vaspout.h5文件。更详细的文件控制：https://www.vasp.at/wiki/index.php/LH5
2. VASP官方新出的python库：py4vasp（https://www.vasp.at/py4vasp/latest/），可以使用一两行脚本很方便的进行数据后处理。但这个py4vasp只能从vaspout.h5文件提取信息。也就是说使用py4vasp，必需搭配HDF5版本的VASP。

ghifi37 · 发表于 Post on 2023-2-17 11:30:04

Aletyx 发表于 2023-2-16 18:10
1. VASP搭配HDF5后，计算完会额外默认输出vaspout.h5文件。更详细的文件控制：https://www.vasp.at/wiki/ ...

非常感谢，这个很有指导意义！

高阁 · 发表于 Post on 2024-12-23 10:50:59

我的hdf5是工程师安装，用module load加载后运行vasp仍然没有vaspout.h5，请问应当如何启用呢？

Oxygen · 发表于 Post on 2024-12-23 11:19:25

高阁发表于 2024-12-23 10:50
我的hdf5是工程师安装，用module load加载后运行vasp仍然没有vaspout.h5，请问应当如何启用呢？

需要重新编译支持hdf5的VASP，而不是分别加载hdf5和VASP

高阁 · 发表于 Post on 2024-12-23 13:23:32

Oxygen 发表于 2024-12-23 11:19
需要重新编译支持hdf5的VASP，而不是分别加载hdf5和VASP

非常感谢，已经联系工程师编译了

高阁 · 发表于 Post on 2024-12-23 13:28:56

请问hdf5作图是需要自带可视化界面吗？还是需要另外安装呢？

Oxygen · 发表于 Post on 2024-12-23 20:25:02

高阁发表于 2024-12-23 13:28
请问hdf5作图是需要自带可视化界面吗？还是需要另外安装呢？

hdf5只是一种存储数据的文件格式，比如excel存储后缀是.xlsx，用记事本存储后缀是.txt，hdf5文件得到的是.h5后缀的二进制文件，仅此而已，具体用什么工具作图是另一个完全不同的问题

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