求助，蛋白质吸附机理的判定标准如何来定

qingqingdong · 发表于 Post on 2022-12-23 14:37:38

最近在做蛋白质吸附在表面的相关分子动力学模拟的调研，关于吸附的机理也大致是分疏水、静电、范德华作用等几类，但大多数文献都是根据得到的结果来说明该吸附是静电作用占主导或者范德华作用占主导（若是静电作用占主导，那为什么范德华作用没占主导呢）。
因此我有疑问，该结论都是在结果的基础上讨论的，并没有一个严格的判定标准，那么谁又能保证计算结果的正确性呢
希望各位大佬赐教，为我解惑。关于蛋白质吸附的机理，如何来判定是哪种作用力占主导，并且能够解释说明另一种作用力没占主导的原因。此类该如何分析呢

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-23 16:35:37

先搞清楚分子力场是怎么计算非键相互作用的（通常是原子电荷计算静电作用，LJ势结合LJ参数计算范德华作用），以及疏水效应的本质是什么（溶剂的熵效应）。没这些常识自然不知道怎么理解结果，并且会误解一些文献里的分析讨论和结论
蛋白质和表面体系间的静电、范德华作用能都是可以直接计算出来的，根本不需要靠猜。

qingqingdong · 发表于 Post on 2022-12-26 10:24:51

sobereva 发表于 2022-12-23 16:35
先搞清楚分子力场是怎么计算非键相互作用的（通常是原子电荷计算静电作用，LJ势结合LJ参数计算范德华作用） ...

感谢老师回复，您最后一句的意思是，计算出静电能，范德华能后，根据差值判断哪个能占主导吗，通常来讲静电能更大一点吧

webb · 发表于 Post on 2022-12-26 15:55:00

计算蛋白与载体表面间的相互作用能，两者间静电相互作用远大于范德华作用，那肯定是静电相互作用占主导。一般根据蛋白表面带电性质和载体的性质，都能有个预判的

qingqingdong · 发表于 Post on 2022-12-26 19:35:03

webb 发表于 2022-12-26 15:55
计算蛋白与载体表面间的相互作用能，两者间静电相互作用远大于范德华作用，那肯定是静电相互作用占主导。一 ...

感谢回复，计算出的静电能和范德华能是整个体系的，包含了水分子间的，因此是否不能简单的根据得到的数值来判断蛋白质与表面的作用能。
我现在有做一些模拟，蛋白质在一个带电金板上的吸附，蛋白质两端都有带正电和带负电的氨基酸，但是吸附情况是不一样的

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-26 21:51:45

qingqingdong 发表于 2022-12-26 19:35
感谢回复，计算出的静电能和范德华能是整个体系的，包含了水分子间的，因此是否不能简单的根据得到的数值 ...

GROMACS可以给出特定两个组之间的非键作用能（mdp里定义能量组）
诸如你的表面是金，原子电荷都为0，靠一般的力场来描述的话显然蛋白质和表面就没有静电相互作用而只有范德华相互作用。倘若你的表面是金属氧化物，表面上的原子带的原子电荷数量级往往都不小，这时候静电作用往往就占主导

qingqingdong · 发表于 Post on 2022-12-28 18:14:30

sobereva 发表于 2022-12-26 21:51
GROMACS可以给出特定两个组之间的非键作用能（mdp里定义能量组）
诸如你的表面是金，原子电荷都为0，靠 ...

谢谢老师！

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