计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1939|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Sobtop] 请问使用sobtop生成了top和分子的itp文件后还需要include amber或GAFF的力场文件吗?

[复制链接 Copy URL]

250

帖子

0

威望

1464

eV
积分
1714

Level 5 (御坂)

我运行了一下好像是不需要include力场文件就直接可以运行GROMACS,那力场文件中的bondtypes、constrainttypes、angletypes和dihedraltypes字段是直接被itp中的诸多项代替了吗?

513

帖子

0

威望

4392

eV
积分
4905

Level 6 (一方通行)

truffle

2#
发表于 Post on 2022-12-27 17:06:55 | 只看该作者 Only view this author
生成的itp自带完整力场参数 不需要include amber或GAFF的力场文件
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

250

帖子

0

威望

1464

eV
积分
1714

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-27 20:15:36 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2022-12-27 17:06
生成的itp自带完整力场参数 不需要include amber或GAFF的力场文件

那请问力场文件中的bondtypes、constrainttypes、angletypes和dihedraltypes字段有什么用呢?正常的itp文件中是不是可以不包括那些项的?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2022-12-28 03:23:02 | 只看该作者 Only view this author
UTM 发表于 2022-12-27 20:15
那请问力场文件中的bondtypes、constrainttypes、angletypes和dihedraltypes字段有什么用呢?正常的itp文 ...

这都是GROMACS基本使用常识问题,在北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里都讲得很详细


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

250

帖子

0

威望

1464

eV
积分
1714

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-28 12:18:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-28 03:23
这都是GROMACS基本使用常识问题,在北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/worksho ...

收到,谢谢sob老师。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 00:55 , Processed in 0.166503 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list