计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2300|回复 Reply: 12
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[硬件评测] 跑MS单路5900x秒双路EPYC 7R32,请问问题出在哪里呢

[复制链接 Copy URL]

65

帖子

0

威望

356

eV
积分
421

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 faylovesnow 于 2022-12-28 23:04 编辑

如题,跑MS,单路5900x秒双路EPYC 7R32,请问问题出在哪里呢?
双路是7r32两颗,内存64g
单路是5900x一颗,内存64g

5900x.txt

1.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 19

EPYC7r32.txt

2.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 11

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112353

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-12-29 02:32:04 | 只看该作者 Only view this author
这种事先把所有计算细节交代清楚再说

7R32单核性能远不如5900X,显然对于并行效率低的程序/任务,前者吃大亏

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
牧生 + 1 对头

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

1376

帖子

0

威望

3986

eV
积分
5362

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2022-12-29 09:42:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2022-12-29 10:17 编辑

5900x,12核心,24线程,  主频:3.7GHz 动态加速频率:4.8GHz
7R32,48核心,96线程, 频率2.8GHz,加速频率为3.3GHz

对于MS这种大约10线程就达到上限的软件,显然,对于跑单个任务,5900x占上风。但7R32的优势在于核心多,可以同时跑多个任务。
所以,如果有少量任务,就图个快,用5900x比较好。。如果有多个任务想一起跑,就用7R32

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
kkxcxx + 1 谢谢

查看全部评分 View all ratings

又菜又爱玩

65

帖子

0

威望

356

eV
积分
421

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-29 10:16:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-29 02:32
这种事先把所有计算细节交代清楚再说

7R32单核性能远不如5900X,显然对于并行效率低的程序/任务,前者吃 ...

明白了,应该是ms并行效率太差的缘故是吧?那是不是我内存只插了两根的缘故呢?但是内存占用率只有20g左右,我以为没必要加内存。

65

帖子

0

威望

356

eV
积分
421

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-29 10:17:21 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-12-29 09:42
5900x,12核心,24线程,  主频:3.7GHz 动态加速频率:4.8GHz
7R32,48核心,96线程, 频率2.8GHz,加速频率 ...

10线程就上限了啊。太坑了。

1376

帖子

0

威望

3986

eV
积分
5362

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2022-12-29 10:25:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2022-12-29 10:27 编辑

我的台式机,6核6线程,8G内存,满载频率可达3.8 GHz
我的服务器,32核64线程,192G内存,频率 3.1GHz

据我以前的使用经验,服务器上,8~10线程就达到上限了,继续提高核数或者线程数,不会带来多少速度的提升。关闭超线程可以稍微提高一丁点速度,但非常不明显,还不如打开超线程,同时跑多个任务。

由于台式机U的频率更高,所以对于单个任务,台式机还会相对更快一点。

我最初就是用8个线程跑一个Ms任务,一共8个任务一起跑。
但由于速度实在太慢,后来硬着头皮转向了gmx,使用了gpu加速,啊,真香!


评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
含光君 + 3 233333

查看全部评分 View all ratings

又菜又爱玩

65

帖子

0

威望

356

eV
积分
421

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-29 10:28:23 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-12-29 10:25
我的台式机,6核6线程,8G内存,满载频率可达3.8 GHz
我的服务器,32核64线程,192G内存,频率 3.1GHz

看来还是要硬着头皮转gmx了

65

帖子

0

威望

356

eV
积分
421

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-29 10:29:27 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-12-29 10:25
我的台式机,6核6线程,8G内存,满载频率可达3.8 GHz
我的服务器,32核64线程,192G内存,频率 3.1GHz

感谢指点,您不说我还以为是我内存瓶颈了 ,那我抓紧用gmx跑跑试试

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112353

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2022-12-30 01:35:13 | 只看该作者 Only view this author
faylovesnow 发表于 2022-12-29 10:16
明白了,应该是ms并行效率太差的缘故是吧?那是不是我内存只插了两根的缘故呢?但是内存占用率只有20g左 ...

内存容量和内存带宽完全是两个概念
双路7R32就用两个内存通道,并行核数多的情况,性能瓶颈完全在内存带宽上。原本能用16个内存通道的机子就用两个内存通道,这是完全难以置信的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

65

帖子

0

威望

356

eV
积分
421

Level 3 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-30 15:25:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-30 01:35
内存容量和内存带宽完全是两个概念
双路7R32就用两个内存通道,并行核数多的情况,性能瓶颈完全在内存带 ...

那舍长的意思是我把内存插满的话,计算速度应该会大幅度提升是吧?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112353

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2022-12-31 00:45:13 | 只看该作者 Only view this author
faylovesnow 发表于 2022-12-30 15:25
那舍长的意思是我把内存插满的话,计算速度应该会大幅度提升是吧?

只是个大概率制约性能发挥的可能因素,但对当前任务来说未必是瓶颈(最大的瓶颈可能在程序的并行效率方面),毕竟经典力场的分子动力学对内存要求比较低
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

65

帖子

0

威望

356

eV
积分
421

Level 3 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-31 09:47:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-31 00:45
只是个大概率制约性能发挥的可能因素,但对当前任务来说未必是瓶颈(最大的瓶颈可能在程序的并行效率方面 ...

谢谢舍长指点

70

帖子

0

威望

271

eV
积分
341

Level 3 能力者

13#
发表于 Post on 2023-2-11 16:44:31 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-12-29 09:42
5900x,12核心,24线程,  主频:3.7GHz 动态加速频率:4.8GHz
7R32,48核心,96线程, 频率2.8GHz,加速频率 ...

你好,请问10线程是10个cpu物理核心吗,还是5个超线程

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 11:29 , Processed in 0.240363 second(s), 29 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list