与Multiwfn联用生成批量freq计算输入文件的python脚本

Eudaimonia

2023.01.12
修了一下bug，我自己体系中吸附质多个原子也能够正常运行了




2023.01.11
目前只能对单个吸附质原子生成，多个原子时遍历有问题




由于cp2k计算freq是一个需要巨量计算的任务，一般会对输入文件中的部分原子进行限制，以减少计算量。当进行批量计算时候，不同模型里面的fix原子选择会变得非常麻烦，写了一个python脚本来批量生成相应的文件，大家可以参考使用

python版本为3.9 64bit，需要安装numpy包进行使用

该脚本使用要求准备生成inp文件的cif模型中，吸附质分子(即我们需要计算频率的分子)的所有原子必须位于cif文件的末尾，且所有原子的坐标必须为正数，如果你的cif文件不符合要求考虑使用multiwfn对cif重新排序(一般是sort by z)后重新生成cif文件备用

之后下载freq.py文件，打开修改开头文件中multiwfn_path为你自己电脑中multiwfn.exe文件路径；
multiwfn_inputfile修改为你生成inp文件使用的键入multiwfn的指令，此处给出我自己使用的freq.txt作为参考；
distance_limit为判定某个原子距离吸附质原子的距离（单位为埃），如果该原子与吸附质分子的所有原子的距离都大于该距离，就fix该原子，默认值使用3

修改完毕后保存，双击打开该freq.py文件
首先输入需要批处理文件的路径，脚本会筛选出所有cif文件，并按照multiwfn_inputfile指定文件的指令生成inp文件
之后输入吸附质分子的原子数量x，脚本会从后往前依次计算所有原子与倒数x个原子之间的距离并生成需要fix的原子的列表

生成的所有inp文件与freq.py脚本在同一目录下

刚刚写完，只进行了粗略的测试，如果有什么问题欢迎反馈