如何找到基态能量最低点的构型

yezhonghua

小范范1989 发表于 2016-6-6 15:36
我的理解哈，我做过的输入：
1：固定角度优化，
#p B3lyp/6-31g(d)  opt=modredundant

请问如果我要同时扫描两边的二面角（1,2,3，4）和（5,6,7,8）。
是不是末尾空一行
1 2 3 4 S 18 10.0
5 6 7 8 S 18 10.0

1 2 3 4 S 18 10.0 和5 6 7 8 S 18 10.0 之间不需要空行的吧？

谢谢！

小范范1989

yezhonghua 发表于 2016-6-7 09:01
请问如果我要同时扫描两边的二面角（1,2,3，4）和（5,6,7,8）。
是不是末尾空一行
1 2 3 4 S 18 10.0
...

恩。我记得是，你可以测试一下啊。不就知道了吗？

yezhonghua

bomsaude 发表于 2016-6-6 18:38
D 1 2 3 4 F （这里的D和F代表什么意思）
D是二面角（Dihedral angle），F是Frozen

我想找到能量最低的构型，是不是需要先对S0进行opt+freq优化，得到的构型然后再进行二面角柔性扫描就可以得到最低的能量构型。或者说在opt+freq优化的基础上进行二面角刚性扫描也可以得到能量最低构型？

谢谢！

yezhonghua

小范范1989 发表于 2016-6-7 09:13
恩。我记得是，你可以测试一下啊。不就知道了吗？

好的谢谢！

sobereva

yezhonghua 发表于 2016-6-7 09:01
请问如果我要同时扫描两边的二面角（1,2,3，4）和（5,6,7,8）。
是不是末尾空一行
1 2 3 4 S 18 10.0
...

是

sobereva

yezhonghua 发表于 2016-6-7 09:14
我想找到能量最低的构型，是不是需要先对S0进行opt+freq优化，得到的构型然后再进行二面角柔性扫描就可以 ...

你先对两个二面角做柔性扫描，从得到的二维曲面图上找到离最深的势阱的最近的那个结构，保存成新的输入文件，做opt freq得到准确的最低点结构并查看有无虚频

yezhonghua

sobereva 发表于 2016-6-7 09:22
是

谢谢sober老师，再次请教您一个问题。

如果要寻找能量最低构型是不是先进行opt+freq优化，预优化一下可以找到局部能量最低点。然后进行二面角柔性扫描，得到能量最低的构型。柔性扫描的话关键词里面不需要scan，如下所示：
#p b3lyp/6-31g(d) opt=modredundant
最后将得到的构型进行opt+freq。
这样的话是不是更加保险一点。


谢谢老师

sobereva

yezhonghua 发表于 2016-6-7 09:28
谢谢sober老师，再次请教您一个问题。

如果要寻找能量最低构型是不是先进行opt+freq优化，预优化一下 ...

是。
一开始是否做预优化无所谓，可以省掉。

yezhonghua

sobereva 发表于 2016-6-7 12:09
是。
一开始是否做预优化无所谓，可以省掉。

谢谢老师，sober老师像我的这个构型，寻找能量最低点是不是需要两次二面角扫描才能找到最优的初始构型？
这一点我不太肯定。
第一次是扫描羰基和苯的二面角，得到能量最低的构型，然后再在这个基础上进行吖啶和苯的二面角扫描，得到的能量最低构型才是最终可以确定的结构能量最低构型。
最后进行opt+freq优化。比如图1所示的分子是否需要二面角扫描3次才能确定能量最低的构型？
谢谢！

sobereva

yezhonghua 发表于 2016-6-8 09:12
谢谢老师，sober老师像我的这个构型，寻找能量最低点是不是需要两次二面角扫描才能找到最优的初始构型？
...

2不用扫，就扫1和3就行了，做二维扫描，同时扫两个二面角