如何找到基态能量最低点的构型

yezhonghua · 发表于 Post on 2016-6-6 15:16:24

优化一个分子的基态，发现后文献上差距较大，发现是基态初始结构输入的问题，导致优化产生的基态不是能量最低点，因此计算的激发态能量偏高。结构如图（1）所示：
想问一下这样的结构如何固定1、2、3、4原子或者5、6、7、8原子的二面角进行基态优化。
同时怎么通过改变1、2、3、4原子或者5、6、7、8原子的二面角进行势能面scan。

谢谢！

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-6-6 15:36:23

我的理解哈，我做过的输入：
1：固定角度优化，
#p B3lyp/6-31g(d) opt=modredundant
末尾空一行添加
D 1 2 3 4 F

2：扫描二面角
#p B3lyp/6-31g(d) opt=modredundant
末尾空一行
1 2 3 4 S 18 10.0

ps：我和你做一个方向，都是TADF理论计算，我感觉你遇到的问题是不是两个D不对称？我之前遇到过
http://ccc.keinsci.com/forum.php ... ;tid=920&extra=
不知道能否有帮助。

yezhonghua · 发表于 Post on 2016-6-6 18:13:24

小范范1989 发表于 2016-6-6 15:36
我的理解哈，我做过的输入：
1：固定角度优化，
#p B3lyp/6-31g(d) opt=modredundant

谢谢！
对的，像D是吖啶的优化出来就不对称，但是如果是咔唑优化出来就没有问题。
这个应该和我的初始构型的输入有很大的关系，我感觉。

yezhonghua · 发表于 Post on 2016-6-6 18:26:44

本帖最后由 yezhonghua 于 2016-6-6 18:32 编辑

小范范1989 发表于 2016-6-6 15:36
我的理解哈，我做过的输入：
1：固定角度优化，
#p B3lyp/6-31g(d) opt=modredundant

我看了你的帖子了，我发现我优化出来两个吖啶都不对称，你的初始结构是自己直接画的，还是先通过3-21g优化一下，然后通过B3LYP优化？
你是通过二面角扫描的方法找到能量最顶的结构么？
D 1 2 3 4 F （这里的D和F代表什么意思）
1 2 3 4 S 18 10.0（这里的S 18 10.0代表什么意思），扫描二面角不需要scan关键词么？
不好意思，不太明白这些参数，非常谢谢！
还有最后有人回复你，他通过限定Cs点群的方法，不知如何限定，我看了他给的gjf文件，查看 point-group ，也没有限定什么点群。

bomsaude · 发表于 Post on 2016-6-6 18:38:03

yezhonghua 发表于 2016-6-6 10:26
我看了你的帖子了，我发现我优化出来两个吖啶都不对称，你的初始结构是自己直接画的，还是先通过3-21g优 ...

D 1 2 3 4 F （这里的D和F代表什么意思）
D是二面角（Dihedral angle），F是Frozen

1 2 3 4 S 18 10.0（这里的S 18 10.0代表什么意思），扫描二面角不需要scan关键词么？
S 是Scan，18是扫描次数，10.0是步长
现在的高斯新版本不设置起始值，这是柔性扫描，Scan写到关键字中是刚性扫描。

lastzealot · 发表于 Post on 2016-6-6 18:45:44

你可以按照文献给出的构型调整输入文件分子结构，用pm6试一下再说

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-6-6 22:15:25

本帖最后由小范范1989 于 2016-6-6 22:38 编辑

yezhonghua 发表于 2016-6-6 18:13
谢谢！
对的，像D是吖啶的优化出来就不对称，但是如果是咔唑优化出来就没有问题。
这个应该和我的初始 ...

遇到这个问题，我问过。
解决的办法就是你在用view花分子的时候，利用对成性画分子，这样就通过基态得到的HOMO是均匀的分布在两端，
ps：其实，这不是必要的，因为你可以看看，HOMO在一个D上，那么HOMO-1会在另外一个D上，而且HOMO-1和HOMO是兼并的，当时审稿人问过我一个这样的问题，所以你在做图像分布的时候，最好是画出HOMO-1，HOMO，LUMO的分布。
我的理解，不一定对哈，

yezhonghua · 发表于 Post on 2016-6-6 22:46:43

本帖最后由 yezhonghua 于 2016-6-6 23:03 编辑

小范范1989 发表于 2016-6-6 22:15
遇到这个问题，我问过。
解决的办法就是你在用view花分子的时候，利用对成性画分子，这样就通过基态得到 ...

非常感谢！

但是跃迁分析时候S1大部分是HOMO-LUMO的跃迁；这样直接用HOMO-1来搞不太好吧?

另外完全对称的结构也不一定是能量最低点吧，主要是不是能量最低结构用来计算垂直激发能误差有点大，有0.2ev和文献相比。

yezhonghua · 发表于 Post on 2016-6-6 23:04:17

lastzealot 发表于 2016-6-6 18:45
你可以按照文献给出的构型调整输入文件分子结构，用pm6试一下再说

谢谢，但是我没有用过pm6，不知道pm6是那款软件？

yezhonghua · 发表于 Post on 2016-6-6 23:05:46

bomsaude 发表于 2016-6-6 18:38
D 1 2 3 4 F （这里的D和F代表什么意思）
D是二面角（Dihedral angle），F是Frozen

谢谢，这里的18和10我是否可以取得大一点，这样的话是不是花费的时间要多了，结果取到的值应该更多一点吧？

bomsaude · 发表于 Post on 2016-6-6 23:16:56

yezhonghua 发表于 2016-6-6 15:05
谢谢，这里的18和10我是否可以取得大一点，这样的话是不是花费的时间要多了，结果取到的值应该更多一点吧 ...

18是扫描次数，10.0是步长，就是每次扫描变化的量（用带小数点的数字），扫描次数越多，得到的点越多，花费的时间也越多

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-7 05:28:57

yezhonghua 发表于 2016-6-6 23:04
谢谢，但是我没有用过pm6，不知道pm6是那款软件？

一种半经验方法，Gaussian、MOPAC支持

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-6-7 06:47:43

yezhonghua 发表于 2016-6-6 22:46
非常感谢！

但是跃迁分析时候S1大部分是HOMO-LUMO的跃迁；这样直接用HOMO-1来搞不太好吧?

那你考虑的比较全面
1：你可以势能面扫一扫，看看有没有其他的构型。同时做个频率分析看看，
2：我感觉你这个0.2ev的差距，很大的可能是来源于泛函。基组我感觉影响相对较小。主要是泛函。

lastzealot · 发表于 Post on 2016-6-7 08:00:02

yezhonghua 发表于 2016-6-6 23:04
谢谢，但是我没有用过pm6，不知道pm6是那款软件？

pm6不是软件，是经验方法，好像是针对前三周期的，不用写基组。
你可以在本站找找pm6相关帖子，Sob老师写过。

yezhonghua · 发表于 Post on 2016-6-7 08:36:34

小范范1989 发表于 2016-6-7 06:47
那你考虑的比较全面
1：你可以势能面扫一扫，看看有没有其他的构型。同时做个频率分析看看，
2：我感觉 ...

非常感谢，基组确实对能量计算结果影响较小，我的泛函采用的是B3LYP，和文献保持一致。

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