求助:拉伸动力学中如何设置盒子及pull.mdp文件参数

Acee · 发表于 Post on 2025-6-18 12:27:16

V55 发表于 2025-6-12 16:40
你好，我想问下就是我跑完拉伸之后我的小分子在vmd里面演示的过程中结构会被拉伸开，有几个分子会分开， ...

你是做的什么体系?

V55 · 发表于 Post on 2025-6-20 10:56:25

Acee 发表于 2025-6-18 12:27
你是做的什么体系?

我做的是小分子在磷脂层中的拉伸模拟

zzk111 · 发表于 Post on 2026-5-25 16:59:22

您好，我在做滑移模拟，想请教一下，如何只让水向一个方向匀速移动，整个盒子下层是基底，上层是水（充满盒子的水），基底表面有个气泡附着，我现在只想让水延x方向匀速滑移，请问用什么MDP合适

zzk111 · 发表于 Post on 2026-5-26 13:26:01

CruiseBend 发表于 2023-1-13 14:09
1. gmx editconf 很方便调节盒子大小，盒子标准是蛋白不能看到自己的pbc映像就行；
2. 是；
3. 不用去；
...

你好，我在做滑移模拟，下层是基底，上层充满水，基底表面有个纳米气泡，我现在只想让水延x方向匀速移动研究气泡滑移现象，请问用什么mdp文件推动水滑移

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[GROMACS] 求助:拉伸动力学中如何设置盒子及pull.mdp文件参数