cp2k-2023.1的docker-singularity安装方法

nianbin

application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0 我出现这个报错应该如何解决呀

nianbin

nianbin 发表于 2023-3-24 18:17
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0 我出现这个报错应该如何解决呀

应该是这个报错The specified OLD file <000.inp> cannot be opened. It does not exist. Data directory path: /opt/cp2k/data

Janson_Shi

djjj148 发表于 2023-1-16 12:38
仔细看帖子，提到过的

请问下 你的这个HINT 能解决吗？

Janson_Shi

renzhogn424 发表于 2023-1-16 10:04
昨天从docker hub上下载了2023的镜像，做成sif运行了试试。倒是能正常计算，不过出现提示：
*** HINT in  ...

请问下这个HINT 能解决吗？

renzhogn424

Janson_Shi 发表于 2023-4-11 13:20
请问下这个HINT 能解决吗？

当然可以，按照教程，运行build_dockerhub_images.sh自己来生成这个镜像就可以啦。后面运算速度还快

wanlichuan

谢谢楼主分享经验，把“Dockerfile.prod_generic_psmp”这个坑给填上了。这次官方脚本把组件安装、本体安装，甚至编译后的test都集中到一起了，确实很顺利。
有个问题请教楼主，编译完成后，在容器里的/opt/cp2k/exe/local目录下产生了三个可执行文件：cp2k、cp2k.popt、cp2k.psmp，是不是第一个cp2k是cp2k.ssmp啊？
再谢楼主。

leeru

'with-device=ch3' 最好要换成‘with-device=ch4:ucx’这样就可以使用IB网络了

leeru

话说我还是用不了IB网络

jnbx

我用bash build_dockerhub_images.sh构建docker镜像时，出现这个报错，换了两个节点，故障一样，有知道的么
=> CACHED [33/40] COPY ./tools/build_utils ./tools/build_utils                                           0.0s
=> ERROR [34/40] RUN /bin/bash -c "     if [ -n "" ] ; then echo "git:${GIT_COMMIT_SHA::7}" > REVISION;  2.9s
------
> [34/40] RUN /bin/bash -c "     if [ -n "" ] ; then echo "git:${GIT_COMMIT_SHA::7}" > REVISION; fi &&     mkdir -p arch &&     ln -vs /opt/cp2k-toolchain/install/arch/local.psmp ./arch/ &&     echo 'Compiling cp2k...' &&     source /opt/cp2k-toolchain/install/setup &&     make -j ARCH=local VERSION=psmp &&     ln -sf ./cp2k.psmp ./exe/local/cp2k &&     ln -sf ./cp2k_shell.psmp ./exe/local/cp2k_shell &&     rm -rf lib obj exe/local/libcp2k_unittest.psmp &&     ( [ ! -f ./exe/local/cp2k.psmp ] || ldd ./exe/local/cp2k.psmp | grep -q libmpi )":
#0 0.850 './arch/local.psmp' -> '/opt/cp2k-toolchain/install/arch/local.psmp'
#0 0.850 Compiling cp2k...
#0 2.255 Discovering programs ...
#0 2.759 /opt/cp2k/exts/Makefile.inc:2: *** "No DBCSR submodule available, please run 'git submodule update --init --recursive'".  Stop.
#0 2.759 make[1]: *** [/opt/cp2k/Makefile:128: psmp] Error 2
#0 2.759 make: *** [Makefile:123: all] Error 2

GoldenBaby

感谢大佬，终于能在服务器上跑了。就是租云服务器还是稍微有一点贵，不过快是真的快，相比于折腾浪费的时间，确实还是挺划算的。

bent

您好，请问如何要编译带GPU的，如何整？

LittlePupil

不知道楼主有没有留意过官方github仓库里的tools/apptainer部分？里面有提供generic和skylake-avx512两个版本的singularity镜像的下载及使用说明，可惜目前只有2023.1版本的（2023.8.5注：已经有2023.2版本的了，还多了针对haswell架构CPU制作的镜像）。

Weldingspock

请问楼主，我在进入sandbox之后输入mpirun --version显示mpirun command not found。这是因为什么呢

Weldingspock

请问一下楼主，我的运行脚本如下：

1. export EXE="singularity exec /run/media/polyucmp/hdd1/BIAN_Tieyuan/software/docker-cp2k/cp2k-2023.2.sif"
   
2. ${EXE} mpirun -np 128 cp2k.popt ./cp2k.inp 1>cp2k.out 2>cp2k.err

复制代码

运行之后报错

1. 
   
2. *******************************************************************************
   
3. *   ___                                                                       *
   
4. *  /   \                                                                      *
   
5. * [ABORT]                                                                     *
   
6. *  \___/    The specified OLD file <./cp2k.inp> cannot be opened. It does not *
   
7. *    |                 exist. Data directory path: /opt/cp2k/data             *
   
8. *  O/|                                                                        *
   
9. * /| |                                                                        *
   
10. * / \                                                   common/cp_files.F:396 *
    
11. *******************************************************************************
    

复制代码

这个错如何解决呢

djjj148

Weldingspock 发表于 2024-3-27 22:04
请问一下楼主，我的运行脚本如下：

应该是singlarity的挂载问题，把镜像换个位置试试