求助：在分子对接中，如何发现水桥的氢键作用

Haisonberg · 发表于 Post on 2023-1-17 00:18:31

我想拿自己的配体去和pdb bank里的一个蛋白配体晶体结构做对接，这个晶体结构对应的文献中写道，有水分子作为“水桥”与蛋白和配体之间都有氢键作用，我在做分子对接的时候如何能够发现这种水桥的作用？我的想法是用对接结果去跑MD，确定整个过程中的保守水分子，不知是否可行。

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-17 05:19:47

可行

Acee · 发表于 Post on 2023-1-18 15:04:57

薛定谔有个功能叫watermap可以帮你计算所谓的保守水分子，或者找一下其他开源的有类似功能的软件

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-1-18 18:54:20

现在的对接软件有些直接支持水合对接，比如Autodock4和Vina，在Aotodock4(vina也可以用)打分函数中直接就有水的原子类型，直接生成相应原子类型的.map文件用于对接即可。用水和对接得到的结构作为初始结构对于结合模式有水桥的配体通常容易得到更合理的结果

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