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[综合交流] 碳酸根与碳酸氢根力场问题

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碳酸根与碳酸氢根除了利用COMPASS力场处理外,还有什么别的力场可以处理的(需要知道他们的力场参数)。大家有没有谁做过这方面分子模拟的

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发表于 Post on 2016-6-7 05:03:42 | 只看该作者 Only view this author
普适的UFF也可以跑
自行用antechamber构建基于gaff的力场的,或者用ATB构建基于gromos力场的也可以跑(见《几种生成有机分子Gromacs拓扑文件的工具》http://sobereva.com/266
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-7 19:12:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-7 05:03
普适的UFF也可以跑
自行用antechamber构建基于gaff的力场的,或者用ATB构建基于gromos力场的也可以跑(见 ...

好的,谢谢Sob老师!我先研究研究啊。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-13 20:54:17 | 只看该作者 Only view this author
dark_cosmos 发表于 2016-6-7 19:12
好的,谢谢Sob老师!我先研究研究啊。

Sob老师,根据您的指导我算了一下。我利用ATB在线生成的碳酸根的top文件,然后碳酸纳在水中一跑,之后发现碳酸根变弯了,我的起始文件中碳酸跟的四个原子还是共面的。所以请问Sob老师,利用ATB生成的ipt文件是直接用还是需要加上限制后在使用

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发表于 Post on 2016-7-13 21:24:22 | 只看该作者 Only view this author
dark_cosmos 发表于 2016-7-13 20:54
Sob老师,根据您的指导我算了一下。我利用ATB在线生成的碳酸根的top文件,然后碳酸纳在水中一跑,之后发 ...


ATB分子库里面如果你搜碳酸根,有manually搞的拓扑文件的话,可以放心直接用,弯的话也是反映实际情况。如果是ATB自动生成的,那有可能不合理,可以自己把力常数加大点以更好维持平面。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-13 22:15:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-13 21:24
ATB分子库里面如果你搜碳酸根,有manually搞的拓扑文件的话,可以放心直接用,弯的话也是反映实际情况 ...

谢谢,Sob老师,这个是可以直接搜到的,我没有找到从哪里可以看到是不是人工手动做的,我直接搜索的时候有两个,后面都给出了来源(如图)。
另外请问Sob老师,我是不是只需要修改[ dihedrals ]里面的fc就ok了

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发表于 Post on 2016-7-14 09:56:06 | 只看该作者 Only view this author
dark_cosmos 发表于 2016-7-13 22:15
谢谢,Sob老师,这个是可以直接搜到的,我没有找到从哪里可以看到是不是人工手动做的,我直接搜索的时候 ...

像这样curation写的manual的就是人工弄的


搜了下,CO3都是ATB生成的。你把力场参数调大吧
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-14 11:41:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-14 09:56
像这样curation写的manual的就是人工弄的

谢谢Sob老师,这样调节参数怎么样才算是合理了,使用什么指标来判断呢,完全没有概念阿。另外这样得出的结果心里很没有把握

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dark_cosmos 发表于 2016-7-14 11:41
谢谢Sob老师,这样调节参数怎么样才算是合理了,使用什么指标来判断呢,完全没有概念阿。另外这样得出的 ...


基本能维持平面结构就行了。刚性小分子MD研究的关键是分子间相互作用,分子结构稍微不准确什么的不是大问题。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-14 22:16:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-14 21:39
基本能维持平面结构就行了。刚性小分子MD研究的关键是分子间相互作用,分子结构稍微不准确什么的不是大 ...

好的,谢谢Sob老师。我看导这个ipt文件中没有定义新的atom type,这是不是说明分子间的相互作用是完全使用原有力场组合得到的。而ipt只是修改了相应的bond等参数来拟合量化计算的结果。不知道这么理解有没有问题。

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dark_cosmos 发表于 2016-7-14 22:16
好的,谢谢Sob老师。我看导这个ipt文件中没有定义新的atom type,这是不是说明分子间的相互作用是完全使 ...

没问题

是itp不是ipt
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sobereva 发表于 2016-7-15 03:48
没问题

是itp不是ipt

谢谢Sob老师

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