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[Molpro] 求助利用molpro的caspt2优化几何构型

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楼主
各位老师好,我想用molpro的caspt2来对一个有机分子进行几何优化,我查看了molpro的手册说明,示例中出现了wf,..,..,..这样子的形式,那就是知道了目前分子的不可约表示吧。但是我目前想优化的分子是直接建模构建的,并不清楚不可约表示,这该怎么进行呢?我不知道我描述的问题对不对,我感觉自己没看明白caspt2优化几何构型到底是怎么优化的...谢谢各位老师

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发表于 Post on 2023-1-28 16:50:31 | 只看该作者 Only view this author
分子对称性以及不可约表示需要先看看结构化学的内容,另外Molpro不像高斯那么黑箱,需要有一定的量化基础才能使用

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-28 17:33:55 | 只看该作者 Only view this author
jiangning198511 发表于 2023-1-28 16:50
分子对称性以及不可约表示需要先看看结构化学的内容,另外Molpro不像高斯那么黑箱,需要有一定的量化基础才 ...

嗯嗯,好的,我会继续看一下。那我想问一下,假如我利用gview构建了一个分子,如果不利用pointgroup的话,直接构建出来的构型是c1点群,我参考Molpro的说明书里的例子进行了优化,最后优化出来的结构也是c1点群。这个优化出来的结构不是我最终想要的结构,第一个想请教的问题是,那么是否初始结构的点群如果和目标的相差太大,最后也不会优化到正确的上来,比如我理由的分子是c2v。第二个问题是,我看molpro在multi部分以及rs2部分都涉及到wf,我看说明书里给的例子也用到了这个,那么在我目前不知道分子的点群以及它的轨道情况的时候,又该怎么优化结构呢?我也是刚入门,感觉很多东西不太清楚,不知道我表述清楚没有,谢谢啦

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发表于 Post on 2023-1-28 17:41:59 | 只看该作者 Only view this author
banxia 发表于 2023-1-28 10:33
嗯嗯,好的,我会继续看一下。那我想问一下,假如我利用gview构建了一个分子,如果不利用pointgroup的话 ...

先在C1群下优化,收敛后看看收敛的结构属于什么点群(可能需要symmetrize一下再看),然后根据新的点群准备输入文件。如果在C1群下优化完全收敛的结构,即使属于比C1更高的点群,也无需在高对称性下重新优化,因为这个结构在高对称性下必然也是已经收敛的。假如你一定要在文章里写这个结构是在高对称性下优化的,那在高对称性下继续优化至收敛也是可以的,只不过一两步就收敛了。
此外,不要用全角字母发帖,不然如果有人想在这个论坛里搜之前的帖子,输的半角字母,可能搜不到你的帖子,不利于别人学习
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-28 19:15:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 banxia 于 2023-1-28 19:25 编辑
wzkchem5 发表于 2023-1-28 17:41
先在C1群下优化,收敛后看看收敛的结构属于什么点群(可能需要symmetrize一下再看),然后根据新的点群准 ...

好的,谢谢老师提醒!我稍后修改帖子标题我就说这个帖子标题怎么打出来这么奇怪..我也先按照您说的试一下。老师,我还想问一下,就是我下午有直接先利用gview建模symmetrize成c2v点群,再去利用df-rs2进行结构优化,结果报错,输出文件显示df-rs2 gradients are not available with symmetry。我看了molpro关于rs2的optg这一部分,有说Analytical gradients are presently only available for RS2 calculations (not RS2C),我不太明白我这个报错信息说的是,是加了df导致的,还是c2v的symmetry导致的?因为我用df-rs2优化c1点群的初始结构是可以成功的...感谢老师!

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发表于 Post on 2023-1-29 09:17:24 | 只看该作者 Only view this author
banxia 发表于 2023-1-28 19:15
好的,谢谢老师提醒!我稍后修改帖子标题我就说这个帖子标题怎么打出来这么奇怪..我也先按照您说的试 ...

应该是对称性导致的
另外 对于几何结构而言,一般DFT的优化结果应该够用了,一般都是用DFT优化结构+高精度方法计算能量

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-29 17:12:41 | 只看该作者 Only view this author
jiangning198511 发表于 2023-1-29 09:17
应该是对称性导致的
另外 对于几何结构而言,一般DFT的优化结果应该够用了,一般都是用DFT优化结构+高精 ...

好滴,谢谢啊。但是导现在让拿rs2来优化..

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发表于 Post on 2023-1-29 17:30:49 | 只看该作者 Only view this author
banxia 发表于 2023-1-29 10:12
好滴,谢谢啊。但是导现在让拿rs2来优化..

给的原因是?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-29 17:48:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 banxia 于 2023-1-29 17:50 编辑

不是很清楚..我也想知道但是也不太敢问。老师我想问一下您昨天说的,我在c1群下用df-rs2优化后收敛的结构还是c1点群,您说的symmetrize一下再看,是说我用gview打开之后symmetrize吗,这样做之后就变成c2v点群了,或者我从point group那里点进去之后,勾选enable point group symmetry,constrain to subgroup之后选择c2v,这样再保存之后得到的分子构型,和我直接优化出来的c1点群的构型有啥关系呀,谢谢老师!

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发表于 Post on 2023-1-29 18:03:43 | 只看该作者 Only view this author
banxia 发表于 2023-1-29 10:48
不是很清楚..我也想知道但是也不太敢问。老师我想问一下您昨天说的,我在c1群下用df-rs2优化后收 ...

还是要问一下,有的时候导师说话的时候没觉得这是命令,而是觉得这是建议,结果学生以为是命令,不仅不敢反驳,甚至不敢问原因。结果导师就觉得学生对这个建议没意见。到头来可能这个建议未必合理,导师也知道未必合理所以给学生留了反驳的余地,但是因为沟通问题导致学生没有get到这个反驳的余地,结果把这个不合理的建议执行下去了。
你这两个做法的结果是等价的,都是寻找和当前C1结构最接近的C2v结构。如果不调整gview的默认阈值,直接就能对称化得到C2v的结构的话,说明这个C1结构距离C2v对称性极其近。所以如果从这个C2v结构出发继续做结构优化,有很大概率第一步就收敛了。这个概率大到发文章的时候不会被挑刺,但是并不是100%,所以保险起见对称化后的结构可以再用molpro在高对称性下优化到收敛,但如果做得粗糙一点的话,不做这一步额外的优化也是可以的。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-29 18:17:57 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-1-29 18:03
还是要问一下,有的时候导师说话的时候没觉得这是命令,而是觉得这是建议,结果学生以为是命令,不仅不敢 ...

好的,谢谢老师的建议可能真的我有点胆小了,我下次组会的时候问一下导。老师,我还想问一下,假如用对称化之后得到的c2v点群的构型进一步在molpro中利用caspt2来优化的话,假设我选择homo和lumo两个轨道作为活性轨道的话,在输入文件中写occ和closed的时候需要知道这两个轨道的不可约表示吧,那是否有什么比较快捷的方法来知道呢因为我之前的做法是,在做caspt2的时候,先用psi4算一下scf,然后就知道了。谢谢老师!

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发表于 Post on 2023-1-29 18:27:41 | 只看该作者 Only view this author
banxia 发表于 2023-1-29 11:17
好的,谢谢老师的建议可能真的我有点胆小了,我下次组会的时候问一下导。老师,我还想问一下,假如用 ...

如果你不做计算就知道HOMO、LUMO长什么样,那由群论就可以从轨道的样子推出不可约表示。
否则肯定得先做一个HF计算再看,至于这个计算用什么软件做就无所谓了
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-29 19:16:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-1-29 18:27
如果你不做计算就知道HOMO、LUMO长什么样,那由群论就可以从轨道的样子推出不可约表示。
否则肯定得先做 ...

原来是这样子,好嘞,谢谢老师!太感谢您了!这一块学到了很多!

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