关于利用现有DNA模型构建删除部分碱基建立新模型中遇到的问题

xsc6 · 发表于 Post on 2023-1-31 21:28:43

各位老师好！本人在建立用于GROMACS的单链DNA模型时遇到一些问题：我想使用的DNA序列（GGGTGGGTGGGTGGGT）,由于PDB库中没有一样的序列，因此使用开头多两个T的序列进行删减（TTGGGTGGGTGGGTGGGT,PDB:2LK7）,由于我不太了解什么软件能够快速删除碱基（文献中描述的全是利用计算机删除），于是我尝试了一种最笨的方法：直接打开PDB文件删除了开头两个T碱基,然后采用Gview补了开头一个H,由于gview补的H原子序号在最后，所以我又将所有文本复制出来，利用EXCEL将这个H挪到了1号原子，剩下的原子序号依次往下，最后复制回去，并将DG改为DG5。最后发现PDB文件是无法用可视化软件打开打开的，但我用记事本形式看不出任何问题
因此我就有几个问题想请教一下：1.是不是其他软件（如EXCEL）复制回去的PDB就无法打开呢？（我的猜测也是，但不确定）
2.是否有什么软件程序能够快速更改原子序号呢？
3.什么软件能够快速简单的删除部分碱基并保持链的完整呢？
我也附上我自己按照上述方法建立的PDB，希望大家一起帮我看看，谢谢！

DNA.pdb (38.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-1 01:38:24

pdb文件是固定格式的，对各种数据所在的列有确切要求，必须弄对。随便找个标准的pdb文件一对照便知

有很多现成的工具都能根据输入的序列产生三维结构
AmberTools的NAB、nucgen
Gabedit
HyperChem
Avogadro中的build-Insert-DNA/RNA
http://web.x3dna.org/（选rebuilding - combination of ...）

xsc6 · 发表于 Post on 2023-2-1 11:06:00

sobereva 发表于 2023-2-1 01:38
pdb文件是固定格式的，对各种数据所在的列有确切要求，必须弄对。随便找个标准的pdb文件一对照便知

有很 ...

谢谢sob老师！
在您提供的这几种工具里，我之前略微接触过NAB和x3DNA。
因为我所使用的DNA链是一条单链形成的具有特定二级结构平行的G4结构，在我浏览的多篇涉及该链的分子动力学文章中，描述均为“The (GGGT)4 sequence was obtained successfully by in-silico elimination of two thymidines, and then, the modification of the hydrogen deficiency by using PyMOL software”（我对这里使用计算机消除两个碱基可能更感兴趣）
我之前使用AmberTools下的NAB，只会构建一条双螺旋的双链DNA（可能构建其他二级结构我还不会）
x3DNA中rebuilding——combination of... 最少也要选择两条链，与我一条链形成二级结构不符
在之前参加sob老师的gromacs培训班群里，您说对于这种G4单链形成二级结构的情况，理论上分子跑足够长时间也能形成，但时间尺度太长成本太高，因为选择近似的进行突变是最好的选择
关于您提到的Gabedit， HyperChem，Avogadro三个工具，我也会去学习尝试一下，谢谢老师

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