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[GROMACS] 混合液体的扩散系数和粘度计算问题

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请问下各位老师,利用gmx模拟乙醇和水的混合液体并计算其扩散系数和粘度,有以下几个问题:

(1)对于此处的混合液体体系,在计算扩散系数的时候,利用gmx msd然后选择0(即整个体系中的所有原子)得到体系的整体扩散系数是否反应了体系中乙醇和水动力学扩散的平均情况?

(2)利用上述体系整体的扩散系数结合Stokes-Einstein方程计算体系的粘度(如图),和使用gmx使用周期扰动法计算的粘度有何区别?用哪个更为合适?

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发表于 Post on 2023-2-1 14:25:56 | 只看该作者 Only view this author
1 是

2 Stokes-Einstein方程适用的前提是粒子是球形的,r的确定有一定任意性。周期扰动法是更严格的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-2 01:28:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-1 14:25
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2 Stokes-Einstein方程适用的前提是粒子是球形的,r的确定有一定任意性。周期扰动法是更严格的

好的 谢谢卢老师

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发表于 Post on 2023-2-3 11:53:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-1 14:25
1 是

2 Stokes-Einstein方程适用的前提是粒子是球形的,r的确定有一定任意性。周期扰动法是更严格的

用Stokes-Einstein方程能算混合液体粘度么?如果可以,扩散率用水的还是乙醇的,或者如何加权平均下?

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发表于 Post on 2023-2-4 05:18:13 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2023-2-3 11:53
用Stokes-Einstein方程能算混合液体粘度么?如果可以,扩散率用水的还是乙醇的,或者如何加权平均下?

我认为不适合
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