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[GROMACS] 如何对有序度参数随模拟时长的变化进行计算?

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各位老师好,我在对石蜡的结晶过程开展模拟,在文献中看到可以用石蜡分子的位点序参数(Site Order Parameter)来描述分子排列的有序性,进而对结晶现象进行表征,类似于图中的曲线。但在执行gmx order后xvg文件里出现的横坐标为原子数而不是时间,而且没有数据,想咨询一下这两个问题该如何解决。

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希望得到的曲线

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发表于 Post on 2023-2-2 23:50:40 | 只看该作者 Only view this author
先搞清楚你说的那个有序度参数和gmx order算的量的定义

gmx order算的这个是对原子而言的


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-3 17:56:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-2 23:50
先搞清楚你说的那个有序度参数和gmx order算的量的定义

gmx order算的这个是对原子而言的

谢谢sob老师的回答。
文献中提到的位点序参数和教材中提到的有序度参数是相似的,但我无法得到该参数随模拟时间的变化关系,想请问下老师有什么方法吗?

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短支链对双峰聚乙烯链结晶过程影响的分子动力学模拟_胡艳玲.pdf

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发表于 Post on 2023-2-4 05:20:27 | 只看该作者 Only view this author
Snown 发表于 2023-2-3 17:56
谢谢sob老师的回答。
文献中提到的位点序参数和教材中提到的有序度参数是相似的,但我无法得到该参数随 ...

公式5写了,就是各个位点的算术平均,自己算一下就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-4 10:17:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-4 05:20
公式5写了,就是各个位点的算术平均,自己算一下就完了

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2025-4-1 17:23:41 | 只看该作者 Only view this author
您好,我想请问一下这个问题解决了吗?我也遇到类似的问题。
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