openmolcas在集群上安装编译失败

火车头 · 发表于 Post on 2023-2-7 17:37:38

本帖最后由火车头于 2023-2-7 17:40 编辑

zjxitcc 发表于 2023-2-7 12:27
不要source，试试退出重登。如果写了Intel OneAPI环境变量，登录时会显示类似这样
一看便知。Intel OneA ...

我把环境变量设置好了，echo $MKLROOT也能出现正确的版本重新安装步骤，在cmake步骤又出现问题了

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-2-7 18:10:21

火车头发表于 2023-2-7 17:37
我把环境变量设置好了，echo $MKLROOT也能出现正确的版本重新安装步骤，在cmake步骤又出现问题了

运行which ifort查看是否有Intel Fortran编译器。如果没有，可能你没安装。Base Toolkit包里我记得没有ifort。可以参考我写的《Linux下安装Intel oneAPI》

火车头 · 发表于 Post on 2023-2-7 18:44:40

本帖最后由火车头于 2023-2-7 20:38 编辑

zjxitcc 发表于 2023-2-7 18:10
运行which ifort查看是否有Intel Fortran编译器。如果没有，可能你没安装。Base Toolkit包里我记得没有if ...

我运行了，确实可能没有安装ifort。我按《Linux下安装Intel oneAPI》重新安装了oneAPI，又折腾几个问题，终于成功安装完成测试了！感谢大佬一直指点！

火车头 · 发表于 Post on 2023-2-7 22:51:43

我测试了测试集所有任务，发现有两个失败，输出文件见附件。不知有没有影响？

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-2-8 00:34:42

火车头发表于 2023-2-7 22:51
我测试了测试集所有任务，发现有两个失败，输出文件见附件。不知有没有影响？

没啥问题。我自己的习惯是，安装完一款程序，算个例子，让它与其他程序结果能完全对应上。比如写个gjf文件

%mem=4GB
%nprocshared=2
#p CASSCF/cc-pVDZ
mokit{CASSCF_prog=OpenMolcas}
0 1
O -0.23497692 0.90193619 -0.068688
H 1.26502308 0.90193619 -0.068688
H -0.73568721 2.31589843 -0.068688

复制代码

用MOKIT的automr运行一下

automr h2o.gjf >h2o.out 2>&1

复制代码

结果
E(CASCI)  =    -75.90802165 a.u.
E(CASSCF) =    -75.90823031 a.u.

再把关键词CASSCF_prog=OpenMolcas删掉，默认调用PySCF进行CASSCF计算，结果
E(CASCI)  =    -75.90802167 a.u.
E(CASSCF) =    -75.90823032 a.u.

对得很好，说明安装的程序大概率没问题。期间自动产生的OpenMolcas输入文件和轨道文件见下，你从这两个文件直接出发，也能算出一样的结果

h2o.input (2.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) ，

h2o.INPORB (13.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

scf · 发表于 Post on 2023-2-8 07:22:48

本帖最后由 scf 于 2023-2-8 07:24 编辑

一般量子化学程序的绝对能量能在多大程度上一致?我曾经比较过不同的程序和自己写的,一般在10^-11上可以一致, 再往下一般做不到 https://en.wikipedia.org/wiki/Do ... oating-point_format 双精度原则上可以到10^-16?

火车头 · 发表于 Post on 2023-2-8 08:50:40

zjxitcc 发表于 2023-2-8 00:34
没啥问题。我自己的习惯是，安装完一款程序，算个例子，让它与其他程序结果能完全对应上。比如写个gjf文 ...

好的，感谢！

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-2-8 18:34:48

scf 发表于 2023-2-8 07:22
一般量子化学程序的绝对能量能在多大程度上一致?我曾经比较过不同的程序和自己写的,一般在10^-11上可以一致 ...

根据我的个人经验，在控制积分精度和各种精度参数前提下，使用TZ级别的基组，气相电子能量能对到1e-6或1e-7,；如果加了弥散函数，只能到1e-5或1e-6。当然，体系小、基组小的时候，对到1e-8或1e-9没问题。

chenxl13 · 发表于 Post on 2024-6-18 18:09:30

zjxitcc 发表于 2023-2-7 18:10
运行which ifort查看是否有Intel Fortran编译器。如果没有，可能你没安装。Base Toolkit包里我记得没有if ...

按照教程网上下载的安装包是2024年的oneAPI，配置好环境变量后运行，显示没有icc和icpc，ifort和mpirun是有的。

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