求助：高斯计算的二面角怎么转化成CHARMM36力场格式的二面角？

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-2-7 15:50:07

本帖最后由灵芝5 于 2023-2-7 17:05 编辑

你好！

我用高斯计算了构建的含有2个氨基酸的肽的成键参数；请问优化后参数的这2列值分别代表什么？
由于这个肽中，有一个二面角参数在CHARMM36力场中没有，想用高斯计算的二面角代替，但是不知道怎么把bim12.out中的二面角参数转化为CHARMM36力场中的 phi0 和 kphi值。本人纯小白，希望各位老师能给予帮助。
附件是高斯的输入文件bim12.gjf和输出文件bim12.out。

bim12.gjf (2.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-7 19:27:50

Gaussian的截图是优化完的坐标，以及此坐标当前的受力

没法直接给你kphi信息
对于基于谐振势的参数，用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）算力常数
对于周期势，用Gaussian做势能面扫描然后自己拟合

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-2-7 20:09:20

谢谢老师答复！
想再请教一下，我有一个肽链2端是非标准氨基酸NAL，缺少的2个二面角是NAL的CA CB CG与端基N和C原子形成的。测试了把NAL放在肽链中间时，NAL可以正常生成参数，请问这是为什么？
高斯优化完的二面角坐标是CHARMM力场二面角里的phi0值吗？
CHARMM力场二面角的mult值是多重度吗？这个值怎么确定？
用的是CHARMM36力场，缺少的这2种二面角适用什么函数？

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