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[GROMACS] grompp 出现报错:No default Improper Dih. types

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本帖最后由 晴天小猪要飞天 于 2023-2-11 12:57 编辑

在蛋白-配体动力学模拟的添加离子这一步,显示与topology并不匹配,查找原因发现topol文件中SOL没换行,然后换行后又重新运行,出现ERROR 1 [file jz4.itp, line 177]:  No default Proper Dih. types,但是jz4.itp文件的177行没发现问题,请问这个怎么解决啊(topol文件和jz4.itp文件已上传)


202302111253136377..png (23.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

202302111253136377..png

202302111250511295..png (31.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

202302111250511295..png

jz4.itp

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topol.zip

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发表于 Post on 2023-2-11 20:23:47 | 只看该作者 Only view this author
提示写明了,gro文件和拓扑文件原子数不匹配。仔细检查[molecules]字段,该改的改、该添加的添加

如果严格照着北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt所列命令按顺序操作就不会有这个问题


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-24 15:36:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-11 20:23
提示写明了,gro文件和拓扑文件原子数不匹配。仔细检查[molecules]字段,该改的改、该添加的添加

如果严 ...

谢谢大神,非常感谢

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