求助：gmx msd计算距离晶片表面不同距离处的水分子扩散系数

萌新杨同学

各位大佬好，本人在使用gromacs复现别人文献时在计算距离矿物晶片表面不同距离处的水分子扩散系数遇到了问题。
我的思路：1、在NPT系综下预平衡体系 2、使用gmx select命令将距离晶片表面不同位置处的水分子分组产生ndx索引文件 3、使用gmx msd命令计算不同位置处的水分子扩散系数
我的结果如附件所示，其中D[距离]为距晶面不同位置处的水分子扩散系数，D[water]为将体系水分子作为整体求得的扩散系数
我的结果显示距离晶片表面不同距离处的水分子扩散系数并没有明显区别，这与文献不符，并且不同位置处的水分子扩散系数均与整体水分子的扩散系数相近，我认为是因为我使用gmx select所选定的分子并不始终在其被选定的位置区间运动所以导致了任何位置处的水分子的扩散系数均与整体扩散系数一致。
请问大佬们，我该如何操作才能实现计算距离晶片表面不同位置处的水分子的扩散系数呢？请大佬们指点一下，拜托了

sobereva

不同位置的扩散系数这个问题以前在论坛上有诸多讨论，首页google框搜

吹梦到西洲

请问一下楼主，你是怎么对不同位置的水分子进行选区的呢？gmx select以后我这边只能按照group选

zyp1999

我也想问一下楼主，是怎么用gmx select命令选择不同位置处的水分子分组产生ndx索引文件的？

萌新杨同学

zyp1999 发表于 2023-4-28 11:09
我也想问一下楼主，是怎么用gmx select命令选择不同位置处的水分子分组产生ndx索引文件的？

就根据坐标范围选择呀，可以仔细看一看gmx select用法

萌新杨同学

吹梦到西洲 发表于 2023-4-22 13:56
请问一下楼主，你是怎么对不同位置的水分子进行选区的呢？gmx select以后我这边只能按照group选

先根据位置分组，然后选择组
我试过了这种方法是不可以计算position dependent diffusion coefficient的，因为这个根据位置的分组只在该帧有效，当模拟的时间延长后根据位置分组的粒子依然会跑出分组范围

吹梦到西洲

萌新杨同学 发表于 2023-5-1 12:53
先根据位置分组，然后选择组
我试过了这种方法是不可以计算position dependent diffusion coefficient的 ...

是的，请问你知道如何计算position dependent D吗

萌新杨同学

吹梦到西洲 发表于 2023-5-9 09:23
是的，请问你知道如何计算position dependent D吗

目前只知道要分别对时间和空间进行划分，认为粒子在一定的时间间隔内位置维持在某个position scale中，然后针对这个时间间隔求MSD。

吹梦到西洲

萌新杨同学 发表于 2023-5-9 11:08
目前只知道要分别对时间和空间进行划分，认为粒子在一定的时间间隔内位置维持在某个position scale中，然 ...

谢谢

neoje

吹梦到西洲 发表于 2023-5-9 14:26
谢谢

前辈您好，能麻烦前辈说一说这个时间范围一般取什么标准比较合适呀？

neoje

萌新杨同学 发表于 2023-5-9 11:08
目前只知道要分别对时间和空间进行划分，认为粒子在一定的时间间隔内位置维持在某个position scale中，然 ...

前辈您好，能麻烦前辈说一说这个时间范围一般取什么标准比较合适呀？

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让ds写个python脚本