请问amber可以实现团聚体中的分子数量统计吗？

Abandon-fmt · 发表于 Post on 2023-2-13 15:06:27

最近在对团聚体的团聚效果做分析，做了回旋半径分析，但是效果不是很好，看到文献有报道团聚体内分子数量随时间的变化（ACS Omega 2023, 8, 4862-4877.）。请问各位，这种数据可以直接在amber上现实么？不可以的话需要用什么软件做呢？

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2023-2-13 16:42:24

这种要写脚本分析，至于MD软件的话amber肯定是可以，你的轨迹能被你的分析脚本识别就行。

rpestana94 · 发表于 Post on 2023-2-13 16:52:09

They said, a script was developed using mdanalysis, this is a python library, so I suggest check the library.

Abandon-fmt · 发表于 Post on 2023-2-14 08:12:29

对抗路达摩发表于 2023-2-13 16:42
这种要写脚本分析，至于MD软件的话amber肯定是可以，你的轨迹能被你的分析脚本识别就行。

好的，谢谢！

Abandon-fmt · 发表于 Post on 2023-2-14 08:12:54

rpestana94 发表于 2023-2-13 16:52
They said, a script was developed using mdanalysis, this is a python library, so I suggest check the ...

thanks！

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