用molclus结合Gaussian做构象搜索，isomer文件一直为0

yyyyqb · 发表于 Post on 2023-2-13 21:04:13

本帖最后由 yyyyqb 于 2023-2-13 21:09 编辑

使用molclus结合Gaussian对一个单体和一个复合物进行构象搜索，其中复合物为包含CHFON的粘结剂柔性链，总原子数为35，template.gjf文件中设置为#p opt freq B3LYP//6-311+G** em=GD3BJ，gau.out文件一直在更新，但是isomer.xyz文件一直没有动静。是使用256核已经计算了24小时，想请教各位，我这个对单体和复合物的构象搜索可以计算吗?如果可以，这个isomer.xyz文件一直不更新是正常的，还是我的基组与方法设置哪里不合适呀？

elvisng · 发表于 Post on 2023-2-13 21:18:17

你看一下 gau.out 的情況吧, 也用 GaussView 看看優化進行得怎麼樣, 結構優化出了什麼問題

B3LYP 和基組中間, 有2個 "/" ? 正常是一個的

isomer.xyz 只有當完成一個結構優化之後, 才會更新, 而且你做的是 opt + freq, 請確保你在 molclus 的 setting.ini 也有正確的選擇工作種類

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-14 09:31:41

完全没有必要带弥散，带了弥散耗时暴增

仔细看molclus窗口里的提示，在干嘛提示得清清楚楚。一个结构都还没算完的话自然不会更新isomers.xyz。

使用molclus要有基本的Gaussian使用常识，长时间卡在一个体系时显然要想到去监控gau.out，看看是不是发生了震荡之类，并且要考虑当前计算条件下对当前体系是否算得动

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Molclus] 用molclus结合Gaussian做构象搜索，isomer文件一直为0