使用MDAnalysis分析RDF求助

牛文文 · 发表于 Post on 2023-2-15 16:55:30

各位老师好，本人最近在尝试用MDAnalysis分析AIMD模拟轨迹的RDF，目前遇到的问题是：
AIMD中存在成断键的现象，因此轨迹每一帧的RDF 的ref原子group都会变化，用MDA自带的RDF无法实现这种时刻变化的atom group 的RDF分析，所以应该是要自己改动RDF的源代码吗？
想问下论坛里的老师们有没有可供参考的分析脚本或者思路，感谢！

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2023-2-15 19:07:18

说清楚你具体的要求，为什么ref原子atomgroup会发生变化

牛文文 · 发表于 Post on 2023-2-15 19:36:14

对抗路达摩发表于 2023-2-15 19:07
说清楚你具体的要求，为什么ref原子atomgroup会发生变化

我想看磷酸质子传导过程中的产生的H4PO4+周围O的变化，因为质子不断发生转移，H4PO4+的数量和位置也在不断变化

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2023-2-16 12:32:25

牛文文发表于 2023-2-15 19:36
我想看磷酸质子传导过程中的产生的H4PO4+周围O的变化，因为质子不断发生转移，H4PO4+的数量和位置也在不 ...

比如你两个态，H4PO4+和H3PO4，你最原始的数据始终是每一帧里面H4PO4+中的某个原子比如P和H3PO4中双键氧的距离，我的理解对吗？

牛文文 · 发表于 Post on 2023-2-23 11:34:46

对抗路达摩发表于 2023-2-16 12:32
比如你两个态，H4PO4+和H3PO4，你最原始的数据始终是每一帧里面H4PO4+中的某个原子比如P和H3PO4中双键氧 ...

不好意思刚看到。是您理解的这个意思

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