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[GROMACS] 求助:关于刚性分子约束的问题

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本帖最后由 小柏桐 于 2023-2-17 17:07 编辑

老师们我想问:
我的体系是水和硫酸根,用的模型为刚性,在top文件硫酸钙部分设置时候,我想约束S-O之间的键长,把键长约束为0.15nm,但是能量最小化一直不是收敛,结构也变形了。不知道是哪的问题。下边是.mdp  top文件
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喵星人

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发表于 Post on 2023-2-17 18:31:25 | 只看该作者 Only view this author
你要约束O-O的距离或者键角

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-17 18:55:13 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2023-2-17 18:31
你要约束O-O的距离或者键角

我试试

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发表于 Post on 2023-2-18 06:00:17 | 只看该作者 Only view this author
用刚性模型没任何实际好处。直接用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)给你产生拓扑文件就完了
另外,原子电荷不能简单地写成氧化态的数值
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-21 17:09:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-18 06:00
用刚性模型没任何实际好处。直接用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)给你产生拓扑文件就完了
另 ...

好的,老师

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发表于 Post on 2025-4-30 15:00:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-18 06:00
用刚性模型没任何实际好处。直接用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)给你产生拓扑文件就完了
另 ...

老师,sobtop程序官网的例1是关于无机刚体体系的拓扑文件产生,既然是无机刚性了,为什么itp中设置约束变成刚性模型,反而没啥实际好处呢,还是说,DRIH方法计算力常数已经考虑了刚性的处理了,就没必要再约束成刚性结构了。
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发表于 Post on 2025-5-1 11:58:28 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2025-4-30 15:00
老师,sobtop程序官网的例1是关于无机刚体体系的拓扑文件产生,既然是无机刚性了,为什么itp中设置约束变 ...

本来就没必要用约束,还故意设置约束纯属添乱+多余

用足够大的键角力常数直接就保证了结构的足够刚性
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发表于 Post on 2025-5-4 22:31:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-1 11:58
本来就没必要用约束,还故意设置约束纯属添乱+多余

用足够大的键角力常数直接就保证了结构的足够刚性
...

好滴,感谢卢老师
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