MM/PBSA计算结果分析的疑惑

沈淼淼

各位老师好！
楼主是做蛋白纳米粒子的小白半路出家接触了分子模拟，最近在做到结合自由能计算的时候遇到了问题，向大家请教。
我用的是gromacs和GMXPBSAtool，根据mmpbsa方法计算了蛋白蛋白之间的binding free energy（溶剂为水），结果如下

Number of eGFP-FTH1	ΔGvwd	ΔGSA	ΔGelec	ΔGPB	ΔGnonpolar	ΔGpolar	ΔGbind
2	-72.7(5)	-0.5(1.2)	2476.0(30)	-2317.4(14)	-73.1(2)	158.6(9)	85.5(7)
1	-168.6(7)	0.1(0.8)	2698.9(53)	-2571.0(35)	-168.5(3)	127.9(5)	-40.6(5)
0	-150.7(5)	0.1(1.0)	1823.1(33)	-1907.9(21)	-150.6(2)	-84.8(6)	-235.4(8)

对Gelec和Gpb两项，以上的结果似乎说明，我计算的这个蛋白系统中静电相互作用会非常严重地影响其稳定性，而该蛋白在溶剂（水）中的溶解又极有利于其稳定。但是我看到许多的参考文献中，Gelec这项通常是负值，而Gpb这项是正值。
因此我非常困惑，是否我的计算过程是有问题的，从而计算得到了这种本身就不合理的结果？还是说，计算过程和结果可能是正确的，而我计算的这个蛋白系统就如同计算所呈现的一般？
请见谅问题可能比较粗浅……求大神们指点！！

sobereva

不了解你的体系也没用过那个程序，光从1那行来看，ΔGelec为正而ΔGPB为负着实诡异，一般都是反过来的。

proszx

PBSA给出的ele和vdw为真空的焓变，不含有熵，所以不是自由能，加上normal mode才是自由能，而且normal mode理论上来说不能做分解，能量分解部分可以做TI，当然算法不一样，TP可以在不严格的情况下做能量分解但分解之后加和不等于理论严格的值
PB理论上可以判断是正值，气相下ele和vdw都应该是负的

jackie

GMXPBSAtool 2.1 version这个工具是不是不可以对每个氨基酸进行能量分解？