公社群聊Q&A整理：2016.06.07 02 ~ 2016.06.08 21 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-6-14 16:48:54

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2016.06.07 01:40:07
Q:
sob老师好，看帖子说：
要做到这个目的，我们先用VMD生成原子序号列表。选择范围对应于：
中心分子：residue 43 这是个指令？为什么是43，通过这个就能选定中心分子了？
中心分子+相邻部分：same fragment as within 6 of residue 43 这句话的意思是选取中心分子质心为6埃的范围内？如果我想调大，是不是就是修改6这个数值就行了？
谢谢老师指点。
A:
选择范围语句
43是我事先知道的
调大就调大6那个值
Q:
偶，这样子，谢谢sob老师指点。
顺带为一句，如果我换做其他的分子，这个43数值如何选择？谢谢老师
A:
在vmd里选1然后点你感兴趣的原子，看控制台里的提示
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2016.06.07 02:48:28
Q:
[图片]
ORCA程序里竟然有错别字
A:
gview里也有一处把highlighted拼错了
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2016.06.07 02:51:11
Q:
请问算反应活化能是不是就相当于是过渡态搜索？
A:
没等价关系。找到TS才能算活化能
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2016.06.07 03:41:46
Q:
[图片]
我在windows系统写运行没有问题，但到linux里就出现l301报错，请问是为啥呢
A:
莫为多空两行
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2016.06.07 04:34:22
Q:
[图片]
很奇怪啊，我通过ORCA加Freq关键词计算，导出为Molden文件后使用Multiwfn计算IR红外光谱，结果程序自动退出。
（同样现象出现在使用 `%tddft nroots 20 end` 计算UV-Vis光谱的情况）
这是什么问题？
A:
从来没说过能用.molden文件做光谱图，里面根本没有做光谱图要用的信息。
手册里明说要载入orca输出文件
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2016.06.07 17:03:07
Q:
大体系，400个原子如何优化和计算频率
A:
频率只能半经验，要么结合ONIOM
Q:
ZINDO不是不能算结构和频率么
A:
谁说只能用ZINDO？
[图片]
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2016.06.07 17:10:55
Q:
老师，早上好，我根据您的建议，分子带一个负电荷，先用B3LYP/6-31G*优化已经完毕，得到 .chk 和 .out 两个输出文件，现在准备用opt hf/6-31g(d) pop=mk iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1)
优化最后计算得到resp电荷，但是我还是不太明白具体如何操作，谢谢老师
A:
去掉opt，算完了让antechamber利用之
Q:
[图片] ，老师，我用B3LYP/6-31G*优化完毕，#p hf/6-31+g(d) iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1) pop=mk geom=allcheck
做静电势计算resp电荷，但是输出的只有lig_ini.gesp，没有lig.gesp文件，这该怎么办？
A:
本来程序就从最后读取一个文件名产生之，显然牵扯不到lig.gesp
Q:
额，那我就用lig_ini.gesp这个结果去拟合电荷了，是吧，老师
A:
y
Q:
[图片]
老师，我用# opt b3lyp/6-31g(d)优化，分子中有个羧基，解离带一个负电荷。还有2个氮原子，都质子化了，静电荷为1，结果优化到现在，N上的质子跑到羧基上了，本来是优化完毕用#p hf/6-31+g(d) iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1) pop=mk geom=allcheck做静电势计算resp，请问老师现在该怎么办？
A:
如果到时候氢还跑了，尝试在溶剂模型下优化
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2016.06.07 17:14:59
Q:
各位老师，multiwfn拓扑分析出来的laplacian of electorn density 的单位是什么？[图片]
A:
[图片]
[图片]
Q:
sob老师，原子单位a.u.和e/bohr3单位是如何换算的？
A:
a.u.对于电子密度而言就是e/bohr^3
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2016.06.07 17:30:01
Q:
话说 isovalue=XXX 如果严格地说，是不是需要加单位？
A:
看对什么实空间函数而言
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2016.06.07 17:40:23
Q:
请问，乙烯中的双键，乙炔中的三键，笨的芳香环，是缺电子还是富电子？我问度娘，看文献，发现既有说是缺电子，也有富电子的，所以不太清楚
A:
富电子
Q:
老师，lp-π相互作用，文献中说是富电子的和缺电子之间的作用，而且主要是静电作用和色散作用为主，这个对吗？
其中说的缺电子就是芳香环
[图片]
A:
两个都是带局部负电的，算lewis碱，根本没静电吸引作用，只有静电互斥。除非某些体系、某些角度，正好有个静电势为正的hole才能作用上。
文中这一段描述根本没说清楚本质
Q:
[图片]好的，明白，这样可以吧？谢谢老师，
A:
诸如算个苯，明显看到pi上方分子表面静电势为负
Q:
恩，色散为主和静电为主，是做的SAPT能量分解。一般是色散，有吸电子基团取代苯环的时候就是色散和静电为主。笨的静电势图上面确实是负的静电势。
就是看了几篇文献，对于这个作用的本质都是说的不太清楚，所以很疑惑
A:
LP-pi在我来看根本没必要单独当做一个什么特殊的作用类型来说
如今名词过多了，不需要创立新的名词的时候，或者用理论常识就能知道是怎么回事的时候，创造一个新词是很讨厌的，会增加冗余的文章量（即很没意思的事却有一堆文章在那里讨论来讨论去）
Q:
[表情]我觉得也是，说的还不清不楚的。
如无必要，勿增添新词[表情]
A:
+1
Q:
+1
不增加新词怎么养活这么多人啊
A:
这体现出科研工作者已经过剩
Q:
老师，lp-π作用，如果用静电势来表示，实际上也就是正负静电势区域的相互作用？
A:
Gery 对
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2016.06.07 18:09:38
Q:
[图片]
？？？
A:
去掉？？？就对了
Q:
截图那部分是正确的，老师是这样吗
[表情]
[表情]
A:
y
Q:
[表情]，谢谢老师，原来老师也这么幽默
Sob老师一向很幽默呀
A:
梗：
[图片]
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2016.06.07 18:20:49
Q:
老师，如果用MOPAC算半经验的色散校正，最后得到的色散校正的结合焓能否换算成正常的结合能
A:
不能。
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2016.06.07 18:26:04
Q:
求个科普：
adaptive natural density partitioning (AdNDP) chemical bonding analysis
看了他的网站，感觉云里雾里的。
http://ion.chem.usu.edu/~boldyrev/adndp.php
A:
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
Q:
Boldyrev和他之前的一个博士生做的
另外看到他们主页上也共享了这套方法的程序
http://sobereva.com/138
直接用Sob的Multiwfn做AdNDP
可能是被sob刺激到了[表情]
Boldyrev从92年之前就做化学成键那套了，直到零几年才开始做AdNDP
A:
当时把adndp写到Multiwfn里的时候还没法在公开地方下载分析程序
后来记得王来生有一篇文章都是用Multiwfn做的adndp
上午看了看官方的AdNDP的手册，一看就觉得很难用，居然输入文件里还要让用户输入每个原子上的基函数，匪夷所思，如此不智能
看个AdNDP轨道还得借助第三方程序
各种完爆官方
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2016.06.07 18:33:42
Q:
[图片] 要算超极化率，但作者事先使用一系列泛函对体系的偶极矩做benchmarks, 然后认为CAM-B3LYP最接近（偶极矩）参考值，最后用CAM-B3LYP来做进一步的超极化率计算，这个逻辑靠谱么？
感觉好像怪怪的……
A:
逻辑不靠谱
没法说对于能量对外场一阶导数准，就对三阶导数也很准
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2016.06.07 18:52:21
Q:
sob老师：然后用origin处理Multiwfn做RDG计算出来的结果，数据太多26万，如何取舍呢？目的是拟合两张散点图
A:
慢慢等等吧，或者用别的程序，或者计算时把格点间距设大点
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2016.06.07 19:00:56
Q:
老师，用MOPAC算三重态，除了triplet和C.I=2以外，还需要写什么关键词？如何开启MOZYME模式呢？
A:
写MOZYME就能开启。对于小体系没必要开这个，大体系才有用
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2016.06.07 19:07:23
Q:
用高斯怎么计算团簇的态密度Density of states 即：（DOS）？求懂得的老师指点一下
A:
看Multiwfn手册4.10节的例子
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2016.06.07 19:08:27
Q:
老师，氢转移反应有没有可能没有过渡态？我用CI-NEB方法搜索过渡态，发现能量从反应物到产物一直是下降的，image取得已经挺多了
靠近反应复合物的image的H-O-H距离已经都1.2-1.3A了，感觉很像过渡态了，可是它的能量还是比反应物的低，能量就是一直下降的，不知道怎么回事
A:
也可能没有。比如电子激发导致氢转移，激发态势能面就往往有无势垒的情况
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2016.06.07 19:23:47
Q:
[图片]
各位老师
这是我的输入命令输出结果是这个错误怎么解决
A:
自定义基组格式错误
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.06.07 19:27:19
Q:
sob老师，methanedimer.gjf这个附件在哪里能找到
A:
%chk=C:\gtest\methanedimer.chk
#p opt mp2/aug-cc-pvdz density out=wfn
opt mp2/aug-cc-pvdz density out=wfn
0 1
C 0.00000000 0.00000000 -1.51499997
H 0.00000000 0.00000000 -2.58207262
H 0.00000000 1.02414194 -1.23194464
H 0.88693293 -0.51207097 -1.23194464
C 0.00000000 0.00000000 1.51499997
H -0.88693293 0.51207097 1.23194464
H 0.00000000 0.00000000 2.58207262
H 0.88693293 0.51207097 1.23194464
H -0.88693293 -0.51207097 -1.23194464
H -0.00000000 -1.02414194 1.23194464
c:\methanedimer.wfn
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2016.06.07 19:32:08
Q:
各位老师，请教一下，做结构优化的时候，什么时候需要考虑色散的作用呢？
A:
使体系而定
分子间相互作用、分子内柔性链之间的相互作用一般都得考虑
Q:
老师，那一般什么样的体系需要考虑呢？
那比如说我的体系，片段之间的π-π相互作用比较显著，是不是有必要考虑色散的影响呀
A:
显然得
不考虑就飞了
Q:
啊，那我的一开始优化结构的时候没加，后来算单点的时候再加上行吗
A:
pi-pi这种体系不考虑色散作用连合理的结构都没有
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2016.06.07 19:37:52
Q:
[图片]老师咱们讲义中是这个图的，定义几个原子的片段，我想看S P D 的PDOS应该怎么做呢？
A:
[图片]
定义片段的时候把相应角动量的基函数加进去
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2016.06.07 19:38:27
Q:
请问老师，一般溶剂化效应需要选用什么方法好呢
A:
SMD
----------------------------------------------------
2016.06.07 19:39:01
Q:
请问sob老师,gaussian 能计算特定的对称性下的每种不可约形式的频率吗？如果有，关键词该怎么写？
A:
体系有对称性时做振动分析直接就给出不同模式的不可约表示了
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2016.06.07 19:41:05
Q:
您的意思是说，我只有重新做优化了，不能再通过后来单点计算补救了
A:
y
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2016.06.07 19:46:51
Q:
[图片]sob老师，按照手册上的方法做能量分解的时候，如果体系存在色散作用，那这部分算出来的Delta E（disp），是对Delta E(tot)的校正呢，还是属于Delta E(tot)的一部分？@Sobereva
A:
一部分
Q:
那应该是Delta E(steric)中的一部分吗？
A:
不是
色散起的是吸引作用，显然跟位阻项无关
Q:
那就是说Delta E(tot)=Delta E(disp)+Delta E(steric)+Delta E(orb)，这样理解对吗
A:
对于Multiwfn的分解，应当是
Delta E(tot)=Delta E(disp)+Delta E(steric+electrostatic)+Delta E(orb)
Q:
Delta E(orb)总是通过差减法得到？
A:
y
Q:
明白了，谢谢老师
A:
迭代最后一轮与第一轮能量之差
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2016.06.07 19:47:31
Q:
老师，再打扰您一下。单个底物优化时，需要加色散矫正吗？
A:
看体系，有没有分子内弱相互作用
Q:
整个体系都是共轭结构，就是有喽
A:
跟有没有共轭毫无关系
说不清楚就把结构图发出来
Q:
[图片]
A:
不用管色散作用，B3LYP足矣
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2016.06.07 19:55:27
Q:
老师，这些电子密度的单位不应该就是e/bohr3吗，为啥咱multiwfn拓扑分析用原子单位a.u.？您说a.u.对电子密度而言就是e/bohr3，不知道这个换算关系怎么来的[图片]
A:
还有动能密度、静电势之类的啊，这些单位显然不是e/bohr3
Q:
a.u.对电子密度而言就是e/bohr3，这个怎么换算的？请教/抱拳
a.u.对电子密度而言就是e/bohr3，这个怎么换算的？请教[表情]
A:
a.u.下长度单位是bohr，电荷单位是elementary charge (e)，显然密度只能是这个
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2016.06.07 19:57:44
Q:
老师，我用GAMESS(SF-TDDFT)的M06-HF,M06-L算的激发能都偏高，而M06-2X,BHHLYP,CAM-B3LYP,BMK,M08-SO,M05-2X,M06算的都偏低，但相对来说B3LYP,M06表现的好一些，但是用高斯（TD）M06-2X,CAM-B3LYP,M06-HF,B3LYP,wB97XD的结果都偏高,用molpro的caspt2，eom-ccsd，mrci也都偏高，这样的话，泛函和方法方面，老师有没有什么建议？
A:
SF-TDDFT我做的不多，这个趋势看来把直接TDDFT受HF的影响都扭转了
既然MRCI、EOM-CCSD都偏高，甚至连TD-B3LYP都偏高，那只能怀疑可比性了，方法上没什么可改的了
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2016.06.07 20:08:12
Q:
[图片]
[图片]
这是我算的不考虑近邻吸附水分子的影响、单纯的H转移的情况，是有过渡态的
A:
那可能是水的作用导致无能垒
这种情况下从初始结构优化应该直接就跑到产物去
Q:
初始构型（反应复合物）也能稳定存在，但是稍微往产物方向调整一下结构，就直接优化到产物了
A:
那大抵是势垒变得很低了，或者TS更接近于反应物了
这种情况得小步长上限才能优化得到
Q:
嗯，给我感觉也是，如果存在过渡态也是构型非常接近反应物的，而且能垒非常低。还有CI-NEB方法得到的各个image的结构有实际意义吗（除了过渡态之外），我发现直接做频率分析都有两个以上的虚频，是不是把image拿出来优化结构会变成反应物或产物？
A:
有意义啊，对应反应路径的点
Q:
哦，跟IRC上的点意义一样？无外乎这是MEP上的
A:
本质意义是一样的，坐标质权和非质权差异而已
程序如果有选项在质权下做就是IRC，高斯跑IRC也可以在非质权下做就是MEP
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2016.06.07 21:25:29
Q:
哪位用过DALTON软件，我想请问下输入文件怎样编写，我才开始学这个软件，不是很清楚，谢谢
A:
RTFM
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2016.06.07 22:13:50
Q:
其实我觉得好的语言不一定非要是美的，“卧槽”在某些语境里也未必有更好的词替代。我觉得语言无非是反映现实的基函数而已，好的语言应该一针见血引起共鸣，用最合适的基反映波函数最重要的成分，读书就是去下别人做好的基组而已。譬如鲁迅写什么“譬如勇士，也战斗，也休息，也饮食，自然也性交。如果只取他末一点，画起像来，挂在妓院里，尊为性交大师，那当然也不能说是毫无根据的。然而，岂不冤哉？”也见得有多美、但理已说清。亦或季羡林的日记里反映的一些想法、现象非要背两句诗出来反倒不恰当了：1932.12.21 “说实话，看女人打篮球……是在看大腿。附中女同学大腿倍儿黑，只看半场而返。”
1933.4.29 “因为女生宿舍开放，特别去看了一遍。一大半都不在屋里。”
1934.3.13 “没作什么有意义的事——妈的，这些混蛋教授，不但不知道自己泄气，还整天考，不是你考，就是我考，考他娘的什么东西？”
偷看别人日记不是一个好的习惯，万一哪一天，被偷看的成了你生命中的另一半，岂不尴尬，总之，不大赞许偷看人家的日记
A:
形式上越雅的方式往往越难简单直接地表述内心真实情感
古典与摇滚也有类似的关系
Q:
就像f***和我从未见过如此厚颜无耻之人
一见到你，我的心就砰砰砰的跳个不停和我爱你，哪一个更浪漫，不同的人有不同的看法
季羡林：“这些话是不是要删掉呢？我考虑了一下，决定不删，一仍其旧，一句话也没有删。我七十年前不是圣人，今天不是圣人，将来也不会成为圣人。我不想到孔庙里去陪着吃冷猪肉。我把自己活脱脱地暴露于光天化日之下。”
A:
问心无愧的人，不怕暴露日记。
----------------------------------------------------
2016.06.07 22:18:04
Q:
[图片]sob老师，这样的纯有机分子，计算分子CD谱，用什么方法、基组不交合适？
A:
PBE0/6-31G*
Q:
优化：#p opt freq b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(solvent=acetonitrile,smd)正在进行，基函数755 basis functions
#p opt freq b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(solvent=acetonitrile,smd)
优化在这个水平可以吧@Sobereva
A:
可
Q:
[图片]这个基组增大些，到6-311g如何？
6-311g*
刚才写错了
A:
VCD的话没必要，ECD可以增大
Q:
ok
ECD的话，6-31G**是不是用处不大？不如6-311g*好？（垂直激发一样的）
A:
ECD用6-31G*足矣得到定性合理的结果，增大个zeta改进比较小
Q:
那如果强迫症使然，想增大一点，那你觉得是6-31G**还是6-311g*或是其他的？
A:
6-311g*
----------------------------------------------------
2016.06.07 22:24:08
Q:
老师，向你请教一个问题。我看到一篇文献，他做了global electron density transfer(GEDT)。在文献中我只看他用的基组和方法，没有看到具体的这个值该怎么算，请您给我指点？谢谢！
A:
就是对两种状态下（比如TS和极小点）时某片段的布居数求差而已，以此衡量电子转移量，搞出这么个新词完全多余
----------------------------------------------------
2016.06.07 22:32:34
Q:
[图片]
Sob老师，我在CFOUR中使用HF/AUG-PVDZ计算一个阴离子的NMR。截图是屏幕最后的输出，输出卡在这个位置的同时，硬盘占用飞快增加，大概20分钟就占用了200GB的空间。这是合理的现象么？
我试过CCSD和HF基组都是同样的现象。
A:
没试过CFOUR算NMR
建议用pcS-1，比aug-cc-pVDZ合适得多
----------------------------------------------------
2016.06.07 22:35:28
Q:
请教各位老师，以RHF和UHF为参考的CC，除了自旋污染以外，还有什么大的不同么；在能量上，UHF是不是一般比RHF的结果更加合理，比如解离的过程
A:
看你算什么，必须U的用R明显不合理
解离后成为双自由基状态只能用U
Q:
我主要关注能量，解离会产生自由基
那UHF还是比较合适的
多谢老师
A:
y
另外还有completely renormalized(CR)形式的CC，GAMESS-US支持，它基于R也可以正确描述解离问题，不过一般还是用常规的UCC就完了。
----------------------------------------------------
2016.06.07 23:06:19
Q:
[图片]
Thermal correction to Enthalpy 后的那个=是不是多余的？
A:
不多余
输出信息本身有=
Q:
哦哦，是指在同一输出文件里的两个值相减对吧～
A:
对
----------------------------------------------------
2016.06.07 23:14:59
Q:
[图片]老师，我这个图看着像没有弱相互作用，不知道画的对不
A:
看等值面图
----------------------------------------------------
2016.06.07 23:33:36
Q:
求助Sob大神，我想算一个自由基体系，M06-2X和wB97X-D那个方法更好一些？谢谢！
A:
M062X
Q:
老师，M062x怎么了？
A:
Gery 回前边的人的问题
----------------------------------------------------
2016.06.07 23:49:51
Q:
[图片]
A:
是
小核赝势，看
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
是
----------------------------------------------------
2016.06.07 23:58:27
Q:
sob 老师，这意思是说AIM分析时所得的密度弥补了ELF分析的不足吗？我计算的时候U直接写的SDD基组，意思就是我用了[图片]吗？
A:
和ELF什么关系也没有
Q:
对U我直接写的SDD基组，是不是就是说我用的是大核赝势，就不存在这句话中的[图片][图片]了，如果不用小核赝势，是不是结果不是很可靠呢
A:
是
是
----------------------------------------------------
2016.06.08 00:04:13
Q:
哦，只是进行基态的结构优化和频率计算是不是就不需要epsinf了？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.06.08 00:19:47
Q:
和ORCA相比Gaussian的输出太乱了[表情]
A:
G98的输出干净许多
Q:
肿么会反而变乱了
感觉和debug版本一样
[图片]噫，求传一个g98的看看
A:
公社论坛里已加进去了
----------------------------------------------------
2016.06.08 00:23:02
Q:
sob老师激发态的极化率可以直接用polar + TD 算吗
A:
够呛
Q:
哦谢谢老师，那有啥方法能算呢？SOS？
A:
TD+freq会给出
如果不放心的话自己用有限场方式算个对比下
----------------------------------------------------
2016.06.08 00:26:22
Q:
80个原子体系，用b972/deftzvp，能跑的动吗？
def2tzvp
A:
看你算什么
优化的话def2TZVP太浪费
Q:
算耦合常熟
可以吗？老师
A:
什么耦合常数？
Q:
氢氢J值
A:
没戏，J耗时高得很，而且这基组算J太烂
算J必须用专门的，如pcJ、IGLO
Q:
高斯支持的？是吗？老师
A:
EMSL拷定义
可以，自行输入要提取的编号就完了
----------------------------------------------------
2016.06.08 00:28:38
Q:
谢谢Sob老师
TD+Freq输出找不到极化率的[表情]
[图片]
[图片]
我是不是找错了？
A:
那你就有限差分来算肯定没问题
----------------------------------------------------
2016.06.08 00:51:27
Q:
Sob老师，我在使用ORCA来进行《使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图》，其中红外和Raman光谱是不是都要写NumFreq才行？
A:
不用啊，大多数泛函在orca里有二阶解析导数
Q:
[图片]
可是解析导数在ORCA中只能用GGA纯泛函计吧？我用杂化泛函程序提示上面的错误。
嗯，明白了。还有我在ORCA手册5.3 Vibrational Frequencies中看到这样一句话：
[图片]
这个和Hessians应该是没关系的对么？
A:
无论是解析还是数值频率， 3.0.3都能给出振子强度
----------------------------------------------------
2016.06.08 01:01:36
Q:
[图片] 老师您好，我优化这个分子，用b3lyp,开始用6-311g+(d,P)不收敛，试了好多解决收敛的方法也不管用，就先从sto-3g,开始到6-311g,都正常收敛了，可是在它基础上一加弥散，就又不收敛了，老师我应该怎样解决，谢谢老师
A:
别加弥散就行了，这体系不需要
箴言：没事别加弥散
Q:
老师我要算它和其他小分子之间的氢键
A:
单点你再加弥散就完了
3-zeta对氢键足以优化出合理结构
Q:
老师那d,p,可以加吗
A:
加
Q:
请教一个问题，如果体系里有阴离子一定要用弥散函数，我想用6-31+G*来优化结构和振动分析，高级别的计算单点能我想用m06-2x/def2tzvp。可是这个高级别的怎么加弥散函数？谢谢老师
A:
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.08 01:09:13
Q:
[图片][图片]
请问大家我这是什么问题呢？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.08 02:40:34
Q:
在window下闪退还什么原因？
A:
fchk不完整或者操作有误
----------------------------------------------------
2016.06.08 02:52:28
Q:
[图片]算了还多次，关键词calcfc,int=ultrafine 都加了，优化结构总是不收敛Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /home/sun789/g09/l9999.exe at Wed Jun 8 01:28:36 2016.
怎么解决，求指导
是的，b3lyp/6-31g*
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2016.06.08 02:59:46
Q:
对了，请问sob，maxstep是必须结合notrust吗？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.06.08 03:07:58
Q:
[图片]请问大家下，这样的态密度图。。。能说两个片段间有轨道作用么。。。只是很弱
是CH3NH2和CO2两者的作用
A:
有
Q:
因为我看右边值的标尺很小（multiwfn的manual中，那个值还略大一点（超过0.1））。。。可以这样理解吗，就是有，但轨道相互作用对能量的贡献很弱
A:
如果是分子体系还不如算算mayer键级
或者算算总Mulliken键级
Q:
我主要是想对CH3NH2和CO2间的相互作用进行能量分解分析，并对其静电作用和轨道相互作用进行图示。。。想看看用multiwfn分析后能不能获得较好的说明
A:
这种问题并不适合DOS
这种弱相互作用讨论方式看
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
----------------------------------------------------
2016.06.08 03:54:29
Q:
老师们。那个sci-hub 不能下文献了吗
A:
看群规
----------------------------------------------------
2016.06.08 04:01:08
Q:
/发呆查点基础的ｌｉｎｕｘ相关还行。话说最近发现百度学术搜文献。。还不错。。。而且求助文献还比较方便～～～～～
A:
百度就是low的代名词
Q:
[图片]但是最近发现比如输入这种关键词搜索，百度学术比ｇｏｏｇｌｅ学术命中率高呢。而且很多能直接给出免费下载链接。当然调研之类的话还是ｇｏｏｇｌｅ好太多百度学术没法用。
A:
直接进JCP主页输入卷数和页码就完了，10秒钟，省得用搜索引擎还没搜中
----------------------------------------------------
2016.06.08 04:20:21
Q:
谢谢老师！请问老师 fchk不完整的原因有哪些？
A:
看formchk时候屏幕提示
----------------------------------------------------
2016.06.08 04:44:48
Q:
请问大家，ORCA的gbw文件转换成哪种格式能够被GV读入呢，想用GV画静电势。另外能不能用Avogadro读入gbw文件然后画静电势呢，看到了如下功能....谢谢大家。[图片]
A:
先把gbw转换为.molden文件（看Multiwfn手册第四章开头），然后用Multiwfn载入之，进主功能100里选项2，选择输出.fch文件，放gv就能绘制了
PS：老版本Multiwfn无此功能
----------------------------------------------------
2016.06.08 05:40:22
Q:
请问QC/MM和QM/MM有什么区别?
A:
一码事
----------------------------------------------------
2016.06.08 06:49:44
Q:
老师您好，怎么用用multiwfn查看优化完成分子中的两个相邻原子之间的键能？谢谢您[表情]
A:
键能要用量化程序来算，multiwfn给不出
----------------------------------------------------
2016.06.08 15:29:15
Q:
[图片]
Multiwfn中这个作图的区域可以调节大小么？我看手册中settings.ini并没有可以调节的参数。
A:
GUI窗口区域大小没法改，保存出来的图像大小用graph3Dsize控制
----------------------------------------------------
2016.06.08 16:10:49
Q:
Thx，主要是使用Multiwfn查看ELF盆吸引子时候编号不好辨认，尤其是大分子，Zoom操作还有上下左右旋转，转来转去的找。
A:
可以导出来在VMD里显示再看编号
----------------------------------------------------
2016.06.08 16:18:20
Q:
sob老师，irc计算，forward的时候是正常的，reverse就出现l123错误，maxcyc到200了还不行，stepsize到15也不行，用了gs2也是到这步死。还有什么招数么？
A:
再一次证明加大maxcyc毫无用处！
贴报错提示，别问lxxx出错怎么办
Q:
Z-matrix is all fixed cartesians, so copy forces.
Leave Link 716 at Wed Jun 8 02:44:55 2016, MaxMem= 7516192768 cpu: 1.1
(Enter /握手/apps/g09/l123.exe)
IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC
Pt 1 Step number 201 out of a maximum of 200
Lambda converged in 35 iterations.
Item Value Threshold Pt 2 Converged?
Maximum Force 0.000977 0.000450 NO
RMS Force 0.000139 0.000300 YES
Maximum Displacement 0.209886 0.001800 NO
RMS Displacement 0.030025 0.001200 NO
GS2 Optimization Failure.
Error termination via Lnk1e in /h
ome/g09/l123.exe at Wed Jun 8 02:44:55 2016.
Job cpu time: 23 days 15 hours 7 minutes 53.5 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 4876 Int= 0 D2E= 0 Chk= 52 Scr= 8
"Copath1c4optco2.log" 114198L, 6728338C
Z-matrix is all fixed cartesians, so copy forces.
Leave Link 716 at Wed Jun 8 02:44:55 2016, MaxMem= 7516192768 cpu: 1.1
(Enter [表情]/apps/g09/l123.exe)
IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC
Pt 1 Step number 201 out of a maximum of 200
Lambda converged in 35 iterations.
Item Value Threshold Pt 2 Converged?
Maximum Force 0.000977 0.000450 NO
RMS Force 0.000139 0.000300 YES
Maximum Displacement 0.209886 0.001800 NO
RMS Displacement 0.030025 0.001200 NO
GS2 Optimization Failure.
Error termination via Lnk1e in /home/g09/l123.exe at Wed Jun 8 02:44:55 2016.
Job cpu time: 23 days 15 hours 7 minutes 53.5 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 4876 Int= 0 D2E= 0 Chk= 52 Scr= 8
"Copath1c4optco2.log" 114198L, 6728338C
A:
贴默认的HPC方法下的报错提示，别贴GS2的
Q:
也是没收敛错误。文件冲掉了
A:
看什么没收敛，重校正步收敛就写老生常谈的LQA
Q:
嗯，我再试试。
谢谢，试过2种步长了
我做这个也没过去，后来我试过5，10，15，20后来在20得时候过去了
A:
纯属巧合
要从原理考虑来解决
Q:
生成气体的。我做scan的时候就发现，断裂键的时候构型变化很突然
A:
绝对保险且让曲线光滑，就用IRC(calcall,LQA,stepsize=5或10)，步数根据实际情况而定
粗暴点就IRC(calcfc,LQA,stepsize=15)
----------------------------------------------------
2016.06.08 16:48:24
Q:
[图片]
A:
活该
没什么希望
----------------------------------------------------
2016.06.08 17:13:32
Q:
请教sob老师，我优化出来的过渡态有两个虚频，分别是200多和100多，但振动方向都是我想要的断键方向，IRC也能分别连上反应物和生成物，那这种情况该怎么处理呢？
A:
IRC只可能沿着一个虚频走
键就一个，也不可能两个虚频都对应对键方向
----------------------------------------------------
2016.06.08 18:13:19
Q:
请问老师我优化了一种复合物，它的基态是三重态T0,类似于氧气，[图片]先做了基态优化，想用垂直激发能相减的方法求单三线态能量差，之后算了T0-T1的激发能，[图片]，又算了T0-S1的激发能[图片]，我这样设置后求得的激发能都是一样的结果，老师我要算基态是T0的分子，应该怎样设置T0-T1及T0-S1的激发能，谢谢老师
A:
不要写一堆乱七八糟的关键词
基于非限制性波函数下做TD，singlet和triplet关键词是不起作用的
你应当根据输出的激发态的<S**2>来判断算出来的激发态当中那些是S哪些是T
Q:
哦哦谢谢老师
不好意思老师再问您一个问题怎样根据<S**2>来判断是T还是S
我算的结果中<S**2>=2.000<S**2>=4.010，好的谢谢哈
A:
[图片]
Q:
<S**2>=4.010老师那出现这样的结果就是我算的体系有问题吧
A:
甭管4.几的，不是你感兴趣的态
Q:
老师从第3个态开始是2[图片]，可是我想要第一激发能T1的结果
A:
你就取excited 3就完了
----------------------------------------------------
2016.06.08 18:27:58
Q:
优化了一个自由基出现 RMS震荡 [图片]
结尾出现No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.
Leave Link 601 at Mon Jun 6 05:47:53 2016, MaxMem= 1610612736 cpu: 1.4
(Enter /home/user//g09/l9999.exe)
你贴的不是错误提示
请问下是不是坐标出错导致的？
看网上说是要加QC再计算
但是不知道是什么原理
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
。。没事加QC干咩？
A:
网上都是坑人
Q:
QC和这毫无关系，“网上的”别信
所以我就来问问大家
看，不行就朗读：
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
再不行就背诵:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
A:
看-读-抄-背
----------------------------------------------------
2016.06.08 18:40:16
Q:
请问有人能告诉我，在什么情况下氢需要加极化函数吗？
[表情]
A:
算氢键、氢转移等和氢关系密切的
Q:
哦哦，那我是水和H+应该是要加的吧
A:
y
----------------------------------------------------
2016.06.08 19:24:30
Q:
[图片]
老师，为什么从高斯view里面只看到20个偶极矩，但是log里面有50个，还有一些在哪里？
A:
看那些干嘛，就看最后一次输出的
Q:
老师，但是我要找最大的偶极矩下的那个构型‘’
为什么最大偶极矩的时候显示不出来
[表情]
A:
自己看输出文件，甭管gv
----------------------------------------------------
2016.06.08 19:56:41
Q:
如何保存scan的所有构象
[图片]
sob老师，请教，我大概看了写你是通过Z-Matrix orientation:来进行定位的？
我的柔性扫描log文件中好像没有这个关键词
[图片]
ScanSplit似乎是处理刚性扫描的吧
A:
y
Q:
坐标是在3个YES 之后的吗
如果是在3个YES 之后的提取也是挺简单的
A:
产生Gaussian09 IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具
http://sobereva.com/199
----------------------------------------------------
2016.06.08 19:59:51
Q:
我的甲基旋转虚频还没消掉，没用d3
#b3lyp/6-31G* opt freq int=ultrafine scf(conver=8)
A:
calcall啊
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
scf(conver=8)
完全多余，默认的
----------------------------------------------------
2016.06.08 20:30:06
Q:
老师，CIS优化激发态的构型后，在做freq时出现了个link1014报错"Tx not orthogonal to T"，请问这个出错表达的什么意思呢？试了两次都一样在CIS解析二阶导报错，我输入文件路径部分：freq cis=singlets/augh-cc-pvtz 或者是opt=(vtight,calcfc) cis=singlets/augh-cc-pvtz 下面是我的输出报错部分，谢谢~
[图片]
A:
程序bug
完全没必要加弥散，也用不着这么大基组
Q:
是CIS方法精度配不上这样的基组吧～我这个体系不大，然而杂环N原子和取代基O上都有孤对电子，激发态的计算也可以不加弥散吗？@Sobereva
A:
什么基组合适看此文
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
价层激发6-31G*优化都足够，TZVP就绰绰有余了
不是里德堡激发就别考虑弥散
Q:
[表情]老师，一般来说激发到多高的轨道才算里德保激发呢？LUMO+10还是更高？
A:
这和个没关系，看体系。
很小的体系诸如水，LUMO+10肯定是里德堡了
而大共轭体系，离里德堡轨道还早着呢
Q:
也就是说，价层激发和里德保激发主要是依据体系而论，而不是根据价层电子激发的远与近
也就是说，价层激发和里德保激发主要是依据体系而论，而不是根据价层电子激发的远与近
A:
一看轨道弥散程度就能判断是什么激发
Q:
/偷笑真功夫，我辈望尘莫及
[表情]真功夫，我辈望尘莫及
。。。其实还是。。挺容易看的
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
A:
然
Q:
/擦汗我笨，尽情嘲笑吧
指出哪里嘲笑了
去看那篇博文
----------------------------------------------------
2016.06.08 20:53:48
Q:
系统提示有语法错误，第一次手动在gauss里加的M06-2X，这样是不是有什么问题?求大神指导/大兵[图片]
系统提示有语法错误，第一次手动在gauss里加的M06-2X，这样是不是有什么问题?求大神指导[表情][图片]
A:
照着手册写
Q:
手册？
A:
程序还能没手册？
没手册谁会用
Q:
瞎猜着写关键词的都是勇士。。。
用的就是gauss，但是gauss view里面没有M06-2X,谁能看看这样写有什么不对的吗？
A:
绝对有人敢直接写CCSDT/CBS[图片]
RTFM
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_dft.htm
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