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[GROMACS] 使用伞形采样模拟中，用gmx wham计算PMF得到反应坐标和总窗口的距离不一致

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thor

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发表于 Post on 2023-2-22 15:40:50 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
我的想使用伞形采样做的是一个CH4分子通过石墨烯孔的自由能，我总共设置了30个窗口，每个窗口间隔0.1nm，计算得到的PMF感觉不对，这个反应坐标距离是少了吗?为什么不是3nm呢？

伞形采样部分代码如图所示

得到PMF如下



wham.sh

393 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 50

gmx wham所用脚本
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