新手求助能量最小化后真空中模拟报错

kexin

各位老师好，最近在学习GROMACS，第一步先进行了能量最小化：gmx grompp -f em_nopbc.mdp -c sol.gro -p sol.top -o em.tpr,这一步能够正常生成em.tpr,但是出现以下的提示，第二步进行真空下2ns的模拟：gmx grompp -f md_nopbc.mdp -c em.gro -p sol.top -o md.tpr，也出现同样的提示，生成了md.tpr，但是在mdrun时没有正常生成轨迹文件等，请问该如何解决呢？感谢大家


NOTE 1 [file em_nopbc.mdp]:
  The group cutoff scheme is deprecated since GROMACS 5.0 and will be
  removed in a future release when all interaction forms are supported for
  the verlet scheme. The verlet scheme already scales better, and it is
  compatible with GPUs and other accelerators.

Setting the LD random seed to -1092627222
Generated 21 of the 21 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5
Generated 21 of the 21 1-4 parameter combinations
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'sol_catalyst_2H2O'

NOTE 2 [file sol_catalyst_2H2O.top, line 14]:
  System has non-zero total charge: 1.000000
  Total charge should normally be an integer. See
  http://www.gromacs.org/Documentation/Floating_Point_Arithmetic
  for discussion on how close it should be to an integer.

Jotaro

体系静电荷不为0，检查下什么原因导致的，在能量最小化这一步确认没什么太过严重的warnig和error，结束时提示收敛至收敛限再进行下一步

sobereva

如果你模拟的体系净电荷就是1，不用管那NOTE，否则要么原子电荷弄错了，要么该加抗衡离子但没加

log里体现了报错原因
Too many LINCS warnings (1007)

照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查