关于saveamberparm保存格式的问题

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2023-2-23 17:24:57

各位老师好，我在使用tleap构建蛋白体系的时候最后保存参数使用的指令为：saveamberparm pdb 1.prmtop 1.inpcrd，但是使用vmd打开时发现成键情况乱七八糟的，而且会有很长的诡异成键。但是如果使用saveamberparm 1.parm7 1.rst7的话，用vmd打开则成键正常。而且prmtop和inpcrd在后续的模拟中非常容易崩溃，但是用parm7和rst7就不会报错，请问各位老师这是什么原因呢？以及该如何解决？（prmtop和parm7都用的amber7Parm导入，inpcrd和rst7都用的amber coordinates with PBC）parm7+rst7（一切正常）

prmtop+inpcrd（出现这种乱键）

附上四个文件，希望各位老师不吝赐教，谢谢！

1aki2.pdb (155.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

2.parm7 (4.36 MB, 下载次数 Times of downloads: 0)

2.rst7 (898.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

2.prmtop (4.36 MB, 下载次数 Times of downloads: 0)

2.inpcrd (898.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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