[程序/脚本开发] MDAnalysis的RDF分子中exclusion_block参数求助

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牛文文

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发表于 Post on 2023-2-23 20:21:24 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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各位老师好，我最近在用MDAnalysis进行RDF分析，输入参数见图。测试发现如果g1和g2是相同元素，那么得到的结果在0埃位置就会有一个很大的值，感觉应该是没有排除掉原子自身影响；所以根据MDA的解释，使用exclusion_block=[1,1]发现确实可以把0位置的峰值给去掉。

但是我自己根据AIMD模拟的需求改了一下RDF的源码，只是把g1的选择位置给更改了下，却发现即使添加exclusion_block也无法去除0埃位置的峰值。想请问各位老师有没有解决办法？或者这个位置的峰值对RDF分析及后续配位数分析是否有影响？

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MDA中RDF模块的输入参数

截屏2023-02-23 下午8.20.19.png (64.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

没有添加exclusion_block时的rdf

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