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[GROMACS] 构建包含虚拟点的N2分子，gro和top坐标数不一致问题 [已解决]

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发表于 Post on 2023-2-24 11:00:06 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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我在N2分子中间加了一个type2的虚拟位点用来平衡电荷，但用insert-molecules将一个N2插入我的体系中时，并没包含我在gro文件中添加的虚拟点，grompp时也出现了（gro, 13822），（top, 13823），这样gro中少插入一个原子的错误，（插入N2后的gro文件只是多了两个N所以并未展示）。烦请各位老师和前辈们指点一下我的文件哪里出现了错误，感谢

===========================分隔线==========================
找到原因了，是我自己马虎了，修改了插入后的gro文件第二行，+1之后能运行了

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itp定义vs

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top

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N2.itp

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