计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1433|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] 关于用Multiwfn计算配合物阳离子的RESP,金属中心电荷为负电荷

[复制链接 Copy URL]

2

帖子

0

威望

115

eV
积分
117

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
用Multiwfn计算配合物阳离子的RESP,金属中心电荷为负电荷 ,这是为什么?
第一次用Multiwfn计算一钌(II)配合物阳离子。用于分子对接的配体文件. 先用gaussian优化,再用fchk文件做RESP,得出金属中心电荷为负电荷 ,该怎么处理?请大神帮助.
Center       Charge
     1(N )   0.0998762624
     2(N )   0.2437434818
     3(N )   0.2271372977
     4(C )   0.0176334209
     5(C )   0.1305621632
     6(C )  -0.0088996837
     7(C )  -0.1661106489
     8(C )  -0.0796937784
     9(C )   0.0192432945
    10(C )   0.1471267086
    11(C )  -0.0142860028
    12(C )  -0.1599861411
    13(C )  -0.0728700474
    14(C )  -0.0592970109
    15(C )   0.0720858496
    16(C )  -0.0836112832
    17(C )  -0.1840361053
    18(C )  -0.0683317318
    19(C )   0.0222359275
    20(C )  -0.0911124037
    21(C )   0.0422721555
    22(C )  -0.2004361164
    23(C )  -0.0782666215
    24(C )   0.0406403733
    25(C )   0.1389823108
    26(C )  -0.0120168117
    27(C )  -0.1610793825
    28(C )  -0.0666039229
    29(C )  -0.0039782343
    30(C )   0.1375793250
    31(C )  -0.0180087512
    32(C )  -0.1548060035
    33(C )  -0.1043378396
    34(C )  -0.0231697904
    35(C )   0.3136930848
    36(N )  -0.4124419583
    37(N )  -0.5301344018
    38(C )   0.4853287664
    39(C )  -0.1112103094
    40(C )  -0.1494412362
    41(C )   0.1131362118
    42(C )  -0.0048554494
    43(H )   0.1490354895
    44(H )   0.1411071795
    45(H )   0.1478001868
    46(H )   0.1368923547
    47(H )   0.1518501369
    48(H )   0.1735645352
    49(H )   0.1258878452
    50(H )   0.1216070103
    51(H )   0.1742297602
    52(H )   0.1322013017
    53(H )   0.1456549186
    54(H )   0.1358270689
    55(H )   0.1469024849
    56(H )   0.1497968137
    57(H )   0.3535596849
    58(C )  -0.2036731088
    59(C )  -0.2213775732
    60(H )   0.1792874858
    61(H )   0.1751330750
    62(C )  -0.2035986457
    63(C )  -0.2178626424
    64(H )   0.1787683770
    65(H )   0.1737061870
    66(H )   0.0873834484
    67(C )  -0.1186821940
    68(H )   0.1228954390
    69(C )  -0.1871114553
    70(H )   0.1394851637
    71(N )   0.0858886527
    72(C )   0.1132549250
    73(C )  -0.1617130150
    74(C )  -0.1587836445
    75(C )  -0.0982482388
    76(H )   0.1310604724
    77(C )  -0.1062188835
    78(H )   0.1184414328
    79(C )  -0.0548542823
    80(H )   0.1329324233
    81(H )   0.1368958102
    82(H )   0.1306480732
    83(C )   0.1133457427
    84(C )  -0.1602846747
    85(C )  -0.1595404965
    86(C )  -0.0977568174
    87(H )   0.1294974303
    88(C )  -0.1053595795
    89(H )   0.1190386418
    90(C )  -0.0557617338
    91(H )   0.1325009439
    92(H )   0.1367314283
    93(H )   0.1309896993
    94(C )   0.1125386240
    95(C )  -0.1595319674
    96(C )  -0.1577016227
    97(C )  -0.0997989287
    98(H )   0.1301672784
    99(C )  -0.1065474795
   100(H )   0.1180665646
   101(C )  -0.0537666034
   102(H )   0.1326959593
   103(H )   0.1370779816
   104(H )   0.1303285334
   105(C )   0.1224279187
   106(C )  -0.1660964289
   107(C )  -0.1651783690
   108(C )  -0.0953942332
   109(H )   0.1314413956
   110(C )  -0.1031594215
   111(H )   0.1213425444
   112(C )  -0.0563232500
   113(H )   0.1320299471
   114(H )   0.1362664543
   115(H )   0.1306477785
   116(H )   0.1093298668
   117(C )   0.0606488522
   118(C )  -0.1712315041
   119(C )  -0.1964541204
   120(C )  -0.0520958318
   121(H )   0.1312994418
   122(C )  -0.0378594237
   123(H )   0.1362795179
   124(C )   0.0391742899
   125(H )   0.1227239777
   126(H )   0.1182069668
   127(Ru)  -0.8534282762
   128(N )   0.1505154796
   129(N )   0.1800830449
   130(Cl)  -0.0839545615
Sum of charges:   2.0000000001
RMSE:    0.001192   RRMSE:    0.009518

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120192

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-2-26 17:26:56 | 只看该作者 Only view this author
被包埋在内部的原子电荷用拟合静电势方法都算不准,很正常。拟合静电势电荷普遍用于分子模拟目的,侧重于展现分子表面外侧的静电势、与其它分子的静电相互作用,内部原子对分子表面外侧静电势影响甚微,算不准也无所谓,不影响RESP电荷的实际应用价值。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2

帖子

0

威望

115

eV
积分
117

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-26 21:19:39 | 只看该作者 Only view this author
感谢sobereva大神!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 01:26 , Processed in 0.171883 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list