关于MESS软件输入文件中受阻转子参数计算问题

594yy

各位老师好，本人拟采用MESS计算化学反应速率，该软件的输入文件涉及到受阻转子的一些参数（如图1所示，同时图2对应分子图），想请教一下图中一些参数通过什么方法/软件获得的？
1、判断是否是受阻转子的标准是否是转动频率小于100cm-1？
2、图中”Symmetry“参数指的是转动组的对称性嘛？怎么判断的？
3、图中”Potential“参数是通过柔性扫描获得的嘛？柔性扫描是否需要将其余不转动的原子冻结？

王二葛

关于对称数，请参考这篇保姆式教程：
https://link.springer.com/article/10.1007/s00214-007-0328-0

594yy

王二葛 发表于 2023-2-27 08:51
关于对称数，请参考这篇保姆式教程：
https://link.springer.com/article/10.1007/s00214-007-0328-0

感谢指教，我去学习一下。

dantevinsky

1. “判断是否是受阻转子的标准是否是转动频率小于100cm-1？” 否，一般情况下，有几个单键我们就会设定几个受阻转子。(对于你这个体系也是这样，只有一个围绕1-7键轴的转动)；
2.“图中”Symmetry“参数指的是转动组的对称性嘛？怎么判断的？” 是的，我不认为这里的symmetry是上面那篇文献中展示的内容，文献中说的是反应速率计算中涉及到的对称数概念，而这里的应该是指受阻转子配分函数计算公式中的对称数，也就是转动组的对称性。其是按照对称性相对较大的那一组来设定的，比如说你这里就是苯环那边围绕1-7轴的对称性，即2；
3.“图中”Potential“参数是通过柔性扫描获得的嘛？柔性扫描是否需要将其余不转动的原子冻结？”是的，不需要。实际上这个柔性扫描是否要冻结，现在学术上也没有确切的说法，Klippenstein教授在Faraday Discussion上的总结中也提到了这一点。不过你这里可以不冻结，然后在文章中直说即可。