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[GROMACS] MD结束后小分子配体结构发生改变

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请问各位老师,我想用MD验证我的分子对接结果是否可靠,用GROMACS进行了100ns的MD模拟。之后我用pymol打开结果文件(.gro),发现小分子配体的结构发生了改变,正常应该是苯环,但是却变成了不知道什么结构。在分子对接后我需要找这个环周围的关键氨基酸残基,这个结构的变化会对我的最终结果(即验证对接是否可靠)有影响吗?同时还想问一下,如何分析MD结果,看分子对接是否可靠?
先谢过各位老师了


202302271523197046..png (99.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

正确的配体结构

正确的配体结构

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发表于 Post on 2023-2-28 02:09:32 | 只看该作者 Only view this author
环结构明显异常,大概率说明小分子的拓扑文件有问题。当前结果没任何意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-13 20:44:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-28 02:09
环结构明显异常,大概率说明小分子的拓扑文件有问题。当前结果没任何意义

谢谢sob大大,我的小分子结构是在acpype网站上获得的,应该不会有什么问题吧

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发表于 Post on 2023-7-14 11:03:40 | 只看该作者 Only view this author
s2023 发表于 2023-7-13 20:44
谢谢sob大大,我的小分子结构是在acpype网站上获得的,应该不会有什么问题吧

自己检查拓扑文件里各个项的合理性,特别是变形区域的原子相关的项

另外,如今我都建议用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生拓扑文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-14 14:30:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-14 11:03
自己检查拓扑文件里各个项的合理性,特别是变形区域的原子相关的项

另外,如今我都建议用sobtop(http ...

好的,谢谢sob大大

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