自由能计算的问题

三石草祭 · 发表于 Post on 2016-6-17 15:31:26

各位老师，我通过对二面角扫描和几个结构优化发现分子有几种可能存在的构象，之前咨询了sob老师，学到了可以用玻尔兹曼分布来分析它们各自占的比例，但里面涉及到了自由能的计算问题，谢谢各位老师指点：
1.我现在用pbe33/6-31G 分别优化了这几种构象并做了频率分析，没有虚頻说明这几种构象存在，老师在博文中说优化基态几何结构求电子能量，在这里怎么求电子能量呢？我指知道输出文件中有能量，但应该不是电子能量吧？
2.我做了频率分析，怎样得到热力学矫正能呢？

bomsaude · 发表于 Post on 2016-6-17 16:43:43

前几天我试着算了几个玻尔兹曼的分布，用Spartan寻找的，感觉对一些小的有机分子构象搜索比较靠谱，和其它软件搜的几乎一样，但试了一个稀土配合物，简直惨不忍睹，也不知道对其它配合物是否也是这样。

1 优化后得到的能量，就是电子的能量
2 频率计算后，得到一系列的校正能量，对于这个计算，你就取校正的吉布斯自由能，也就是那些校正能量中最后的那个。

不当之处没还请Sob老师明示。

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-17 16:56:46

根本没有pbe33
算这种问题不要用稀奇古怪的泛函。该用什么看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272

6-31G根本没法用，看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

电子能量就是指单点能

怎么算气相下自由能在此文靠后部分写明了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

三石草祭 · 发表于 Post on 2016-6-17 17:10:02

bomsaude 发表于 2016-6-17 16:43
前几天我试着算了几个玻尔兹曼的分布，用Spartan寻找的，感觉对一些小的有机分子构象搜索比较靠谱，和其它 ...

谢谢老师，明白了

三石草祭 · 发表于 Post on 2016-6-17 17:18:57

sobereva 发表于 2016-6-17 16:56
根本没有pbe33
算这种问题不要用稀奇古怪的泛函。该用什么看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择

谢谢sob老师，刚接触量化计算很多地方都不明白，我泛函和基组是选用的pbepbe/6-31g(d) IOP(3/76=1000003333) IOP(3/77=0666706667)，之前一直认为单点能不仅包括电子能量还包括核的能量，

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-17 17:26:20

三石草祭发表于 2016-6-17 17:18
谢谢sob老师，刚接触量化计算很多地方都不明白，我泛函和基组是选用的pbepbe/6-31g(d) IOP(3/76=10000033 ...

量化的行话里，电子能量就是单点能，已经包含了核-核互斥能

那种泛函不要用。结果绝对差

三石草祭 · 发表于 Post on 2016-6-17 17:32:30

sobereva 发表于 2016-6-17 17:26
量化的行话里，电子能量就是单点能，已经包含了核-核互斥能

那种泛函不要用。结果绝对差

谢谢老师，泛函是基于HF成分选择的，42%*q是33左右，所以就选择了这个泛函，关于自由能的计算我再认真看一下老师的博文

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