计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1687|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 请问如何调整原子间的LJ势阱

[复制链接 Copy URL]

12

帖子

0

威望

151

eV
积分
163

Level 3 能力者

我想做一个研究浸润性的课题,我在文献中看到要调整LJ势的sigma和epsilon,但是我不知道要在哪里设置这些值?

12

帖子

0

威望

151

eV
积分
163

Level 3 能力者

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-1 17:19:14 | 只看该作者 Only view this author
LJ potentials are used for both C–O and Cu–O interactions.
The LJ parameters are determined as εC–O = 0.3975 kJ mol−1, σC–O = 3.19 Å,
εCu–O = 0.7113 kJ mol−1 and σC–O = 3.19 Å to match the experimental contact
angles for water/graphite and water/Cu.
文章里的叙述,我现在只知道单个原子的在itp文件里有,但不知道原子间的应该在哪设置

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2023-3-2 06:25:19 | 只看该作者 Only view this author
霍元甲 发表于 2023-3-1 17:19
LJ potentials are used for both C–O and Cu–O interactions.
The LJ parameters are determined as ε ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

分清楚原子和原子类型。在[ nonbond_params ]里可直接指定不同原子类型间的参数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 09:52 , Processed in 0.362555 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list