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[CP2K] aimd中模拟界面上分子/离子得电子后的分解过程

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本帖最后由 madhatter 于 2023-3-1 20:32 编辑

之前用orca对一个离子做电场下的aimd,结果给错了电荷,正常是+1,结果给成了0,结果在aimd中就发生了分解,反应路径与文献中一致,所以我在思考提前给电子是否可以跳过电化学反应得电子那一步骤,直接在电场下已经得到电子的分子/离子/集团,自发的反应。所以我做了在固体表面放上了这个离子,总电荷给的0,的确得到了想要的反应过程。1.我不确定这种做法是否对
2.不过后续我想做更复杂的aimd模拟时涉及到一个问题,就是给电荷是给的系统总电荷,cp2k是否有关键词可以限制某些原子或者某些分子在md过程中电荷合不变,这样是不是可以更好的去诱发反应。
3.我查了谷歌,有人给出了几个约束的关键词 原文如下,  我想知道的是这些关键词是否可以满足我的需要,如果可以那种比较好用,如果知道的话能否告诉md中控制电荷关键词在哪个词条下。
4.图1是去年的一篇电解液文章(https://www.science.org/doi/10.1126/science.abn1818),从这个看他所谓的促进分解的aimd是否是这种类似的研究。
水平有限,如果有错误还请各位大佬指正

[color=rgba(0, 0, 0, 0.87)]The only way I know to do something similar to what you want to do is
to restraint/constraint
the charge on few atoms:
http://cp2k.berlios.de/manual/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/DFT/QS/
DDAPC_RESTRAINT.html
http://cp2k.berlios.de/manual/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/DFT/QS/
MULLIKEN_RESTRAINT.html
http://cp2k.berlios.de/manual/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/DFT/QS/
BECKE_CONSTRAINT.html
[color=rgba(0, 0, 0, 0.87)]you may also want to have a look at the regtests using those sections
(to have an idea of the working template).




202303012029276497..png (157.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

202303012029276497..png

202303012029039510..png (44.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

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发表于 Post on 2023-3-1 20:51:07 | 只看该作者 Only view this author
没必要限制某些原子或基团的电荷量,因为原子或基团的电荷量(电荷布居)会因结构不同而不同,就算给出某个原子和基团的初始电荷量,MD一跑,电荷量又变了。如果你真的要固定某个原子或基团的电荷量,要想清楚这样做的物理意义。

这篇文献更像对不同构型(构象)作电荷布居分析,研究反应过程的电荷转移情况。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-1 21:10:46 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2023-3-1 20:51
没必要限制某些原子或基团的电荷量,因为原子或基团的电荷量(电荷布居)会因结构不同而不同,就算给出某个 ...
谢谢大佬的指点
其实我对aimd还是有些不理解,在模拟一些电化学反应来说,如果界面是一个金属无法像这个文章里提的官能团提供多余电子,界面上的分子在我理解中似乎永远无法发生进一步反应。
他这种是属于固体表面带有电子聚集或者直接带电荷的官能团,所以这些电荷有机会传递到电解液分子中,使它得到电子,
1.跟我直接在系统电荷上添加,然后跑aimd,理解上是否是类似。
2.我的实验和改电荷后的aimd很好的契合,是不是类比一些功函数大的材料表面的电化学研究,可以用这种直接改电荷的方式去诱导反应的发生。

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发表于 Post on 2023-3-2 06:16:09 | 只看该作者 Only view this author
想约束电荷,一种做法是用CP2K的CDFT,用于AIMD一般会增加好几倍耗时,另一种做法是用QM/MM,用原子电荷体现固定电荷
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