求助：含钍的配合物80个原子构象搜索问题

wangzh · 发表于 Post on 2023-3-1 20:53:56

老师们好，对于含钍的配合物，我用gentor得到了500构象，1.之前想用xtb进行初筛，结果xtb算不了钍，我想问一下还有什么软件，计算方法可以进行初筛，比如老师博文《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》里的提到的MOPAC可以吗？因为直接用DFT算太慢了。
2.老师。能帮我看一下gentor里面化学键的设置是否合理？
感谢老师！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-1 23:46:44

一个可能的思路是把Th换成配位结构类似的其他元素（比如Ce或者Hf？），不过最好调研文献确定有人这么做过，再做。假如已知Th第一配位层很刚性，一定是你画的结构的话，也可以先随便用DFT优化一个构象，然后把Th换成Ce等元素，并把Ce和第一配位层冻结，再用xtb搜索构象。
另外建议确认一下这里的磺酸是不是带着质子的，除非你做强酸性溶液，否则磺酸很可能会以电离态为主。

wangzh · 发表于 Post on 2023-3-2 15:08:13

wzkchem5 发表于 2023-3-1 23:46
一个可能的思路是把Th换成配位结构类似的其他元素（比如Ce或者Hf？），不过最好调研文献确定有人这么做过， ...

老师您好，您说的“建议确认一下这里的磺酸是不是带着质子的，除非你做强酸性溶液，否则磺酸很可能会以电离态为主”，这里我查的文献中，实验是在硝酸溶液中进行的，是不是意味着磺酸不带质子，那在我们理论计算中，应该怎么处理这里呢？比如结构优化，

hdhxx123 · 发表于 Post on 2023-3-2 15:37:21

wangzh 发表于 2023-3-2 15:08
老师您好，您说的“建议确认一下这里的磺酸是不是带着质子的，除非你做强酸性溶液，否则磺酸很可能会以电 ...

跟我之前做的体系有类似之处，可以看看我之前的问题和其他老师的解答
http://bbs.keinsci.com/thread-23255-1-1.html这里的5楼有讨论

hdhxx123 · 发表于 Post on 2023-3-2 15:42:50

wangzh 发表于 2023-3-2 15:08
老师您好，您说的“建议确认一下这里的磺酸是不是带着质子的，除非你做强酸性溶液，否则磺酸很可能会以电 ...

体系的优化应在电荷中性情况下进行最佳的是水溶液包裹，实现不了也得带隐式水模型，建模之前你得先清楚你的计算目的是什么，如果是水合溶液下的结合能或者配合物的稳定性情况，那需要先有钍和水分子结合的能量作差，这样就得考虑你的配合物在酸性环境下的形成过程，以确定建模合理性。如果是考虑萃取效率类似的，一般需要使用多相动力学，但是钍的动力学我没有了解过。

wangzh · 发表于 Post on 2023-3-2 16:27:17

本帖最后由 wangzh 于 2023-3-2 17:05 编辑

hdhxx123 发表于 2023-3-2 15:42
体系的优化应在电荷中性情况下进行最佳的是水溶液包裹，实现不了也得带隐式水模型，建模之前你得先清楚 ...

老师您好：1.我查的文献中一般是在气相进行优化结构，然后算的是金属与配体的键长，键级，这种情况我需要考虑您说的这些情况吗？
2.看了您的讨论，动力学采样和用博文里面用molclus的gentor组件得到初筛构型是不是一样的，我这里用gentor得到了500个构型，用量化计算DFT筛选很慢，您通过动力学采样大概可以得到多少个构型？
3.能大概讲一下动力学采样怎么入手，比如软件，方法之类的，这方面我没有接触。
感谢老师指导！

hdhxx123 · 发表于 Post on 2023-3-2 23:50:12

wangzh 发表于 2023-3-2 16:27
老师您好：1.我查的文献中一般是在气相进行优化结构，然后算的是金属与配体的键长，键级，这种情况我需要 ...

采样之前和sob讨论过，只要选择的采样方法是合适的，gentor也是没问题的，没有说动力学采样最好。
气相优化结构前提是你这个结构不用于后续的溶液内反应的结合能计算，可能有些文献讨论的是非溶液反应，不清楚你计算的用处在哪里，如果是溶液内反应不考虑原理上显然是不合理的，这也是很多文献的问题，为了算而算

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-3 02:32:43

wangzh 发表于 2023-3-2 08:08
老师您好，您说的“建议确认一下这里的磺酸是不是带着质子的，除非你做强酸性溶液，否则磺酸很可能会以电 ...

稀硝酸还是浓硝酸？
查一下这种磺酸在水里的pKa，和H3O+（如果是稀硝酸）或HNO3（如果是浓硝酸）的pKa比一下，由此确定磺酸是否是质子化的

wangzh · 发表于 Post on 2023-3-17 09:43:40

本帖最后由 wangzh 于 2023-3-17 09:59 编辑

wzkchem5 发表于 2023-3-3 02:32
稀硝酸还是浓硝酸？
查一下这种磺酸在水里的pKa，和H3O+（如果是稀硝酸）或HNO3（如果是浓硝酸）的pKa比 ...

老师您好，我又查了一下，这个萃取剂是在有机相中，比如煤油，1,2-二氯乙烷中，钍在硝酸水相（强酸）中，两相混合后，这里需要考虑磺酸的质子化情况吗？感谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-17 14:03:46

wangzh 发表于 2023-3-17 02:43
老师您好，我又查了一下，这个萃取剂是在有机相中，比如煤油，1,2-二氯乙烷中，钍在硝酸水相（强酸）中， ...

我说了，自己查这种磺酸的pKa，和你的硝酸溶液的pH对比

wangzh · 发表于 Post on 2023-3-17 15:23:52

wzkchem5 发表于 2023-3-17 14:03
我说了，自己查这种磺酸的pKa，和你的硝酸溶液的pH对比

好的，我明白了，非常感谢老师您对我的指导

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