求助：packmol建立DPD模型

YiYibao · 发表于 Post on 2023-3-14 19:14:27

请问用packmol建立固体颗粒悬浮液，单个粒子表示多个水分子，单个粒子表示固体颗粒，应该怎么建模呢（单个粒子的pdb文件怎么获取）？

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-14 19:30:24

自己手写个pdb文件

牧生 · 发表于 Post on 2023-3-14 20:20:56

只要PDB就简单的不得了。

比如你把以下内容存在C.pdb，就是一个粒子了。至于这个粒子是什么，程序是不知道的。比如你在itp里面赋予它几个水分子的参数，那么它就是一个代表几个水分子的粒子，如果你赋予它一个或者两个乙烷的参数，那么它就代表了一个或者两个乙烷。

真正难搞的不是pdb，而是力场

ATOM 1 C C 0 -0.000 -0.000 0.000 1.00 0.00 C
END

YiYibao · 发表于 Post on 2023-3-14 20:31:29

sobereva 发表于 2023-3-14 19:30
自己手写个pdb文件

谢谢大佬

YiYibao · 发表于 Post on 2023-3-21 21:52:55

牧生发表于 2023-3-14 20:20
只要PDB就简单的不得了。

比如你把以下内容存在C.pdb，就是一个粒子了。至于这个粒子是什么，程序是不知 ...

大佬，我自己写了单个粒子的pdb文件用packmol设定液体和固体粒子的数量，用VMD转化为data文件，但是我得到的data文件是full格式，并且为什么会有bond

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