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[GROMACS] mdp文件里能量最小化和约束问题

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看到文献中对于mdp参数设置的描述,想自己也复现一下,遇到两个问题,请教各位老师:
1.文献中能量最小化的方法steepest descent energy minimization是不是在mdp文件中应该写成integrator=steep


2.文献中对蛋白和水分别做了约束,mdp文件中除了写constraint algorithm=LINCS还需要写什么呢?




谢谢!




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发表于 Post on 2023-3-14 23:01:44 | 只看该作者 Only view this author
1 是
2 不要效仿此文。仅仅对H相关的化学键约束就够了(constraints=hbonds),其它的键绝对不要约束。用gmx自带的水的itp文件,水默认就会用settles算法约束
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-15 09:57:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-14 23:01
1 是
2 不要效仿此文。仅仅对H相关的化学键约束就够了(constraints=hbonds),其它的键绝对不要约束。用g ...

收到,谢谢老师的详细解答!再请问老师一下,我用的tip4p/2005水模型,默认也是settles算法吗?

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发表于 Post on 2023-3-15 12:15:05 | 只看该作者 Only view this author
961106 发表于 2023-3-15 09:57
收到,谢谢老师的详细解答!再请问老师一下,我用的tip4p/2005水模型,默认也是settles算法吗?

itp文件里看到有[settles]字段就是
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-15 15:52:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-15 12:15
itp文件里看到有[settles]字段就是

谢谢老师了!

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